股权交易在经济转型和企业重组中频繁发生,自然人股权交易行为由于涉及的税收信息较为隐蔽且有的金额较大,故而成为近几年税务稽查的重点。本研究结合S有限公司自然人股东(以下简称“S公司股东或者公司股东”)股权转让的实际案例,分析探讨其适用的税收政策,并就其纳税行为进行评价,对存在的问题给予优化建议,以期为存在自然人股权转让行为的企业提供纳税方面的帮助。本研究的类型为案例分析。从S公司自然人股东股权交易的案例入手,运用经济学中的逻辑分析和比较分析等方法,以S公司为主体,从自然人股东的角度进行分析其股权转让行为和股权转让后新股东以盈余积累转增股本问题。对于自然人股权转让行为,本文在梳理自然人股东股权转让期间税收政策演变的基础上,主要探讨了对自然人股权转让行为的纳税义务发生时间的认定和应缴纳的税款。对于新股东以盈余积累转增股本的行为,则主要分析了本案例的适用政策。通过上述探讨,本文得出以下最终结论：一、在股权转让协议的筹划阶段,企业应当多与税务机关进行沟通,明确未来将可能承担的税赋种类及金额。二、股权转让协议在签订时,应当避免签订以资金或非货币资金来往为前置条件的股权转让条款。协议规定分期转让股权的,应明确分期转让股权的时间,没有明确的,则应尽量缩短股权转让的间隔时间,以保证适用政策的延续性。三、在股权转让行为发生后,要及时明确纳税申报的流程。分期转让股权的,应在分期支付股权转让款项后进行纳税申报。四、分次转让企业100%股权后,以盈余积累转增股本的,不适用国家税务总局公告2013年第23号公告。五、发生股权交易行为后,企业或自然人应主动进行纳税申报,如有新的税收政策法规应及时学习了解,存有疑问的,应主动询问主管税务机关。