排污许可管理制度是生态环境主管部门根据我国法律的相关规定,依照不同相对人的申请,按照法律的有关规定对申请人申请排污的不同类别、总量等,允许申请人排放一定量的污染,并向其颁发相关证件,以明确其需要根据证件所规定的内容来进行排污行为的一种环境法律制度。构建有机统一的排污许可法律制度的关键就在于不断促进排污许可法律制度的完善,这不仅仅能够引导排污许可战略转型,也能推动排污许可法律责任制度的形成。我国排污许可管理制度发展至今已有30年的历史,但与美国、日本、法国等发达国家还有较大差距,实践探索过程中也存在不少问题:首先,我国排污许可管理制度立法体系不健全,排污许可管理制度的规范性文件效力层级较低;其次,我国排污许可管理立法内容不完整,适用对象范围狭窄,分类不够科学,并且制度实施主体也缺乏必要的统一性,造成在行政机关和排污者之间难以建立有效的沟通机制;最后,我国排污许可管理立法在法律责任设置方面也不太合理,存在权责分配不当的情形。根据现阶段的我国排污许可制度的实际情况,应当对排污许可进行统一的立法管理,尽快出台《排污许可管理条例》是完善我国排污许可管理制度的必由之路。具体可以从以下方面努力:第一,完善排污许可管理的立法体系;第二,扩大排污许可制度的适用范围;第三,建立健全相关的监督管理体制;第四,考察排污许可制度与其他环境法律制度之配套关系。第五,合理设置违反排污许可管理的法律责任。