林木种子园是连接育种与育林的桥梁，是重要的种子生产群体，其子代的遗传多样性将直接影响到人工林群体的稳定性和适应性。 本文以福建五一林场马尾松种子园无性系及其自由授粉子代为研究对象，利用微卫星(SSR)分子标记技术分析了亲、子代遗传多样性，同时利用该技术对子代群体进行父本分析，确定了子代的父本组成，探讨了种子园遗传多样性的遗传基础。 主要结果如下： 1．从其它树种中应用的163对SSR引物中筛选出11对具多态性的引物，各个位点扩增得到等位基因数3～20个，平均每个位点6.8182个等位基因。 2．建园无性系群体具有较高水平的遗传多样性。建园无性系的基因多样度(PIC)值为0.5483，同马尾松或其他树种的天然林群体相近；群体的平均观测杂合度Ho为0.3436，平均期望杂合度He为0.5506，观测杂合度偏低；Fit(群体的固定指数)值为0.3819；Nm(基因流)=1.0367＞1，可排除遗传漂变对群体不平衡的影响。 3．子代群体同种子园无性系(亲代)相比，各项多样性参数相近，遗传多样性并没有显著降低。F(固定指数)值为0.0079，接近0，表明三个子代群体的杂合体和纯合体数相差不多；Fit值为0.0413，表明三个子代群体接近Hardy-Weinberg平衡，推测可能同种子园无性系间的随机交配有关。 4．利用父本分析的方法共分析了126个候选父本及来自三棵母树的286个子代。结果表明，本文研究的三棵母树子代的父本组成数量均在40个左右，但是具体的组成成分差别较大。126个候选父本中，为三棵母树都提供花粉并形成子代的父本只有6个，两两子代共有的父本有24个，其他则不尽相同。 5．参与子代父本组成的优树无性系起源较为分散，没有形成同一起源的几个无性系同时参与一棵母树子代父本组成的情况。 6．约有5％～15％左右的候选父本贡献了27.08％～48.96％的花粉，其中只有一个候选父本具有较大的花粉量；其他85％～95％的候选父本的贡献率均为1％～2％，虽然这部分父本的花粉贡献率相对较少，但为子代群体广泛的遗传基础和遗传多样性奠定了基础。同候选父本的花粉量分析比较发现，父本的花粉贡献率同其自身花粉量没有显著的相关性。 7．父本分析中发现了种子园外来花粉污染现象。共发现候选亲本没有而子代特有的等位基因7个，分别来自27个子代、6个SSR位点。外来花粉污染率达9.44％。 8．研究中发现了空粒种子和畸形苗，占子代数的2％～3％。估计可能是自交形成的。 9．由于种子园内无性系数目较多，仅用11对SSR引物难以准确鉴别所有子代的父本，有待在今后的研究中增加引物数量及寻找更为有效的研究和分析方法加以完善。