1960-1971年是英国在东南亚转变防务政策并结束其地区军事存在的关键时期,这一阶段分别发生了马来西亚联邦成立(1963)和分裂(1965)、印度尼西亚与马来西亚对抗(1963-1966)、英国决定苏伊士运河以东防务撤离(1967-1968)三件大事。英国在处理这些事务的过程中并非形单影只,而是与地区各国,特别是澳大利亚有很多协商与合作。面对马来西亚的成立,英澳都认识到需要新防务协议来保障其地区军事地位,澳大利亚积极敦促并参与到新的英马防务条约的协商之中,延续了英澳对马来西亚-新加坡的防务责任。面对印马对抗,英国积极反应,1962年就向婆罗洲派兵,而澳大利亚则显得犹豫迟缓,直到1964年印尼登陆马来半岛才决定使用军力参与对抗。由于内外形势的恶化,英国于1966年进行国防审查并逐步确立了1971年从东南亚防务撤离的政策。澳大利亚对英国的撤离政策坚决反对,既不同意英国在澳大利亚本土建立替代基地,更不认可英军退回欧洲。由于盟友的压力和保守党上台,英国政府提议以五国防务安排代替既有的英马防务条约,并在1971年与澳大利亚等盟国达成协议,使英国在形式上保持地区介入但不再对新加坡和马来西亚承担实际义务,而澳大利亚只得无奈接受承担更大防务责任的事实。然而英国撤离不久,美国也决定终止在越南的战争行动,这让依赖英美两国维持前沿防御的澳大利亚难以坚持既往的政策,加上地区形势的缓和,最终澳大利亚也将军队退回本土。这一时期,英澳的防务关系如政治关系一样逐渐疏远,由构建对大马新防务条约时的密切协作,到印马对抗中分歧出现,最后在英国计划撤离苏伊士运河以东的计划中两国的争执达到高峰。英澳防务关系弱化的背景是国际局势的变化和两国内外政策的巨大变革。