近年来,我国研发经费保持增长的状态,不同企业间的研发效率存在较大差异。企业不同的产权性质导致薪酬激励出现差异。企业研发资源的调配由企业高管决定,研发人员是将研发投入转化为产出的关键要素。高管薪酬激励会影响高管是否愿意冒高风险追求不确定的研发收益,研发人员薪酬激励会决定企业是否能挽留核心人才,进而影响企业的研发效率。因此研究企业产权性质、薪酬激励和研发效率具有一定的理论意义。本文以具有不同产权性质的国有企业同仁堂和民营企业以岭药业为案例研究对象,借助熊彼得创新理论、前景理论和委托代理理论进行案例分析。研究发现,与以岭药业相比,同仁堂研发投入转化为专利及成品药的能力更弱,研发效率更差。本文分析其原因,相比以岭药业,同仁堂的国有产权性质存在所有者缺位的问题,导致委托代理问题更严重,更难监督企业高管提升研发效率。此外,产权性质还进一步影响企业高管和研发人员的薪酬激励方式。相比以岭药业,同仁堂的高管薪酬受限薪令的影响,基本底薪没有贴近市场化的水平;受八项规定的影响,在职消费受到约束;没有股权激励,只有货币激励。在医药行业研发具有投入高、周期长和风险高的背景下,同仁堂高管为了自身利益具有轻研发重营销的倾向。研发人员是将投入转化为产出的关键。相比以岭药业,同仁堂的研发人员薪酬水平更低,且没有持股激励。同仁堂更高的研发人员流失率也证明企业对研发人员的激励不足。为提高企业研究效率,必须将企业高管和研发人员的绩效评价与企业长期收益相结合。