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目的了解我省0～3岁呼吸道感染患儿沙眼衣原体感染现况以及流行菌株。方法采用荧光定量PCR方法,对2013年12月～2014年5月间浙江省儿童医院就诊的322例0-3岁呼吸道感染患儿鼻咽分泌物沙眼衣原体检测分析,将检测结果按年龄分组,比较组间差异。并从阳性样本中随机抽取26份,采用双脱氧末端终止法对沙眼衣原体外膜蛋白基因直接测序分型。结果322例患儿沙眼衣原体阳性78例,阳性率24.2%。将所有患儿按年龄分成三组,其中≤28天组74例,阳性26例,阳性率35.1%；-3月组99例,阳性39例,阳性率39.4%；-3组岁149例,阳性13例,阳性率8.7%。≤28天组和～3月组阳性率均明显高于～3岁组,经统计学分析差异有显著性意义(P<0.01)；～3月组阳性率略高于≤28天组,经统计学分析差异无显著性意义(P>0.05)。0-3月龄患儿阳性65例,占总阳性数的83.3%。26份沙眼衣原体阳性样本分型测序结果峰图和Blast比对,F型9例,J型8例,E型4例,G型3例,D型、H型各1例。结论：0-3岁呼吸道感染患儿沙眼衣原体病原检出主要集中在0-3个月的患儿,沙眼衣原体是3个月以下呼吸道感染患儿的主要病原之一。检出的沙眼衣原体基因分型为泌尿生殖道感染型(D-K型),以F、J型和E型为优势流行株。表明婴幼儿呼吸道感染的沙眼衣原体来源于母婴垂直传播,做好沙眼衣原体母婴传播的预防,可以有效减少0-3个月婴儿的呼吸道感染发生。