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中国南方沿海用于养殖的主要经济鲍为九孔鲍、皱纹盘鲍和盘鲍，其中九孔鲍已广泛大规模养殖10年以上，多采用养殖个体进行人工繁殖，遗传多样性可能受到影响；皱纹盘鲍和盘鲍多从北方和日本引进后养殖，养殖群体的遗传多样性状况不明。为评估3种经济鲍的遗传变异现状，利用RAPD分子标记技术研究了九孔鲍的福建（东山）、广东（惠来、深圳、湛江）和海南（三亚）3省沿海5个养殖群体的遗传多样性和遗传结构，利用微卫星分子标记技术研究了福建东山和广东惠来养殖的皱纹盘鲍和盘鲍4个群体的遗传多样性。九孔鲍的RAPD研究发现，54个随机引物中，22个引物扩增稳定用于统计分析。5个养殖群体172个个体中共产生180条大小在0.2～2.4kb之间的扩增条带，平均多态位点比例91.4％。湛江群体基因多样性最高，为0.344，惠来群体最低，为0.259；群体基因多样性的t检验显示，东山、深圳和三亚群体相互间平均基因多样性差异并不显著（P＞0.05），而其他群体相互间差异显著（P＜0.01）。5个养殖群体总体基因多样性HT、群体间平均基因多样性HS、群体间遗传分化量DST和遗传分化系数GST分别为0.381，0.313，0.068和0.179。GST介于0.076和0.246之间。分子方差分析（AMOVA）显示，76.7％的遗传变异来自于群体内部个体间的差异，群体间的遗传变异占总变异的23.3％。群体间FST为0.102～0.297，揭示了与GST相似的遗传分化格局。UFGMA聚类分析显示5个群体聚为2支，深圳、湛江与三亚群体聚为一支，东山和惠来群体聚为另一支。但AMOVA显示，东山和惠来群体组与深圳、湛江和三亚群体组间遗传分化并不显著(FCT=0.103，P=0.099)。随机组合检验表明，群体间呈显著的遗传分化状态，各地方群体应分别作为单独的“管理单元（management unit）”进行遗传资源管理，群体之间的移植应严格监管。皱纹盘鲍和盘鲍的9对引物中，4对引物可同时在两种鲍中稳定扩增。4个微卫星位点共检测出24个等位基因；有效等位基因数为2.214～6.001，平均有效等位基因数为4.110；多态信息含量PIC值均在0.5以上，变化范围为0.512～0.812；观测杂合度介于0.382到0.677之间，平均0.521；期望杂合度的变化范围为0.550～0.836，平均0.705；各位点观测杂合度均低于期望杂合度，杂合子偏离度D值均为负。4个养殖群体中，2个皱纹盘鲍养殖群体的等位基因数和有效等位基因数均大于2个盘鲍养殖群体；PIC值和期望杂合度排序均依次为：惠来盘鲍＞惠来皱纹盘鲍＞东山皱纹盘鲍＞东山盘鲍。Hardy-Weinberg平衡的卡方检验发现，仅有东山皱纹盘鲍在位点Hdd108C、东山盘鲍和惠来盘鲍在位点Hdd115B符合Hardy-Weinberg平衡。4个位点平均近交系数为0.228。AMOVA表明，南方养殖的皱纹盘鲍和盘鲍95.22％的遗传变异存在于群体内，群体间的遗传变异仅为总遗传变异的4.78％，但群体间的遗传分化显著(FSC=0.048，P＜0.001)。根据Nei（1972）的方法计算的群体之间的遗传距离为0.084～0.186，惠来盘鲍群体与东山盘鲍之间的遗传距离最小，东山盘鲍与东山皱纹盘鲍之间遗传距离最大。UPGMA聚类分析表明，东山盘鲍与惠来盘鲍群体间亲缘关系最近，并与惠来皱纹盘鲍聚为一类，东山皱纹盘鲍与其它群体间亲缘关系较远。