专利侵权损害赔偿作为专利侵权救济制度中颇为重要并且经常使用的一种救济方式,在专利侵权案件的司法实践当中具有重要地位,在最新发布的司法解释当中,也明确规定了损害赔偿作为不停止侵权的替代救济方式的情形。损害额的计算方式是否科学合理,赔偿额的确定结果是否公平合法,在一定程度上能够直接影响到专利权的保护范围,从而决定了国家专利政策在司法实践方面能否贯彻实施。损害赔偿额是对专利侵权纠纷发生之后,法院要求侵权人对自身侵权行为的对价给付,鉴于专利权本身价值评估的特点,以及专利侵权行为证据的举证难,专利侵权损害赔偿额确定难的现象,我国《专利法》虽然规定了四种存在依次顺位的赔偿额方式,但近年来司法判决长期依赖于法定赔偿这一兜底的赔偿方式,实务界普遍反映赔偿额偏低,同样也受到来自学者的诟病,压倒性的采用本应垫底的法定赔偿方式说明了现行专利侵权损害赔偿制度立法的供给偏差,存在其他赔偿方式被束之高阁的法律漏洞,应当引起足够的重视。本文通过比较中日两国专利侵权损害赔偿制度在理论与司法实践当中的差异,对专利损害赔偿制度在救济、预防、制裁等基本价值中的优先取向进行讨论,并对其他三种损害赔偿方式:所失利益、侵权所得、合理使用费在我国为什么难以在实践中被运用的现实原因进行探讨,对各赔偿方式的适用要件判断与适用限制规定是否完善进行剖析,结合专利损害赔偿制度在市场经济的供需理论的基础之上对经济增长所起到的作用,追溯中日专利侵权损害赔偿制度的历史迁移和现状,分析重要案例的司法裁判程序,最终实现科学合理损害赔偿额的确定,保障专利侵权损害赔偿制度的有效性,参考日本在本世纪初实施知识产权兴国战略以来,专利侵权损害赔偿制度的修改与司法实践动向,对我国现行的专利侵权损害赔偿制度进行细化分析,以实现专利法促进技术进步建设创新型国家的立法初衷。通过理论、司法实践、数据、案例的研究与分析,本文认为现行专利侵权损害赔偿司法裁判的规范体系中应当建立如下原则与规则,即构建救济填平与制裁预防目的并行的价值定位,引入专利惩罚性赔偿制度,规范专利惩罚性赔偿的适用要件;规范专利诉讼中当事人举证的证据标准,赋予损害赔偿请求人对于赔偿方式的自由选择权利,并允许根据不同案情对赔偿方式进行组合请求,对所失利益、侵权所得、合理使用费三种赔偿方式的适用要件与限制进行细化规定,促进三种损害赔偿方式的判赔率;在专利权商业化的大背景下,将专利侵权司法裁判损害赔偿额纳入专利运营的重要一环,借助专利的市场价值作为计量参考确定赔偿额,限制法官的自由裁量权利,不允许当事人主动适用法定赔偿的赔偿方式,将裁判的自由心证如实写入判决书当中,取代采取简单列举权利类型、当事人侵权情节、既往判例等作为参考因素的方式,与知识产权法院技术调查官制度一样建设法院会计人员的队伍,允许专利代理人作为诉讼当事人参与到专利侵权诉讼中来。