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本文以纯血马、焉耆马及伊犁马三个马品种为研究对象,采用PCR-SSCP及DNA测序技术,在DNA水平上对PPARGC1A和CKMM基因多态性进行研究,并将其与马体尺性状、耐力性能进行关联性分析。研究结果如下:对PPARGC1A基因的多态性进行检测,其在焉耆马和伊犁马中存在多态性,产生了AA、AB及BB三种基因型,纯血马中未检测到多态性。经DNA测序发现在第七外显子75682bp处发生G→A的突变。通过Hardy-Weinberg平衡检验,该基因在焉耆马和伊犁马中均处于Hardy-Weinberg非平衡状态。遗传参数计算结果表明,焉耆马和伊犁马PPARGC1A基因多态位点均属于中度多态位点。通过对CKMM基因的多态性进行检测,在所测三个品种中均存在多态性,检测到HH及HI两种基因型。经DNA测序发现在第四外显子3736bp处发生C→G突变。通过Hardy-Weinberg平衡检验,三个品种均为Hardy-Weinberg非平衡状态。遗传参数计算结果表明,所测该基因在三个品种中均为中度多态位点。PPARGC1A基因不同基因型与体尺性状进行相关性分析发现,在伊犁马群体中,AB、BB型体高极显著高于AA型(P<0.01)。耐力性能方面,焉耆马和伊犁马AA型的100 km完赛率较AB和BB型高,焉耆马群体中AA和AB型马匹速度显著性快于BB型马匹,伊犁马群体中AB型的速度极显著快于BB型。在基因型上,针对耐力性能AB优于AA优于BB,且马匹的体型结构需要匀称,不宜太高。CKMM基因不同基因型与体尺性状进行相关性分析结果表明,在焉耆马群体中,不同的基因型对体长产生了显著性的影响,HH型显著长于HI型,在伊犁马群体中,不同的基因型对体高产生了显著性的影响,HH型显著低于HI型。CKMM基因不同基因型与耐力性能进行相关性分析结果表明,焉耆马和伊犁马HH型的100 km完赛率较HI型高,焉耆马群体中HH型马匹速度极显著性快于HI型马匹,伊犁马群体中HH型的速度显著快于HI型。在基因型上,针对耐力性能HH优于HI,且在耐力赛马匹的选择上,长的体长具有一定优势。