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大花序桉(Eucaplyptus cloeziana)是培育中、大径锯材的优良树种,在我国南方生长良好,表现出很强的适应能力,是一种相当有加工利用前途的树种。本文采用SSR分子标记技术对广西林科院在玉林市林科所建立的大花序桉试验的19种源119个家系进行了群体遗传结构的分析,主要结论如下：(1)采用植物基因组DNA试剂盒提取大花序桉总DNA, DNA的质量好,DNA得率高,OD260/OD280比值大部分在1.7～1.9之间,为进一步开展大花序桉在分子水平上的研究提供了基础。(2)大花序桉SSR-PCR反应体系各参数浓度如下(10μL):Buffer (lx)、dNTPs25μM、Taq酶1U、Mg2+(1.0,1.5或2.0mM)、Forward primer0.5μM、Reverse Primer0.5μM、模板DNA5ng、10pmol荧光dUTP。大花序桉SSR-PCR扩增程序为(降落程序)：●第一步在94℃时预变性4min；●第二步为一个20循环的过程,首先在94℃时变性30sec,然后在Tm+10℃到Tm℃时复性30sec,最后在72℃延伸1min,此步中每个循环降低0.5℃；●第三步为一个26循环的过程,首先在94℃时变性30sec,然后在Tm℃时退火30sec,最后在72℃时延伸1min；●第四步在72℃时延伸10min；●第五步4℃保存。(3)从40对SSR引物中共挑选出13对引物作为大花序桉群体结构分析SSR-PCR反应的最终引物,13对引物分别为(eSSR0952、 eSSR0984、eSSR1145n2、eSSR0850、eSSR0035n、eSSR0620、 eSSR0599、eSSR02760、eSSR1087n、eSSR712(a)、Embra8、Embra40、 Embra100)。(4)家系水平上,119个家系平均有效等位基因数Ne为6.6843,Shannon多样性指数平均值为2.1207,13个位点的固定指数均大于0,平均值为0.3815,说明大花序桉19个种源杂合体不足。期望杂合度的值在0.5446到0.9182之间,平均值为0.8239；观察杂合度的值在0.2577到0.7188之间,平均值为0.4831。观察杂合度值与期望杂合度值存在一定差异,说明连锁不平衡存在。(5)种源水平上,用13对SSR引物检测19个种源,shannon信息指数平均值为1.2501,Nei基因多样度平均值为0.6490,期望杂合度的值在0.62826到0.8263之间,平均值为0.6948；观察杂合度的值在0.3846到0.6667之间,平均值为0.4574。(6)基因分化系数(Fst)在不同位点有较大的差异,变化范围为0.1511～0.2885,群体平均基因分化系数为0.2065,即有20.65%的遗传变异存在于种源之间,而大部分变异(79.35%)存在于种源内。(7)采用软件POPGENE32按Nei&Li的方法计算相似性系数和遗传距离,19个种源遗传相似度在0.2569到0.8770之间,遗传相似度在种源19488与种源20725之间最大,在种源20732与种源20723之间最小,平均遗传相似度为0.5708。19个种源的遗传距离介于0.1313到1.3591之间,与遗传相似度相反,遗传距离在种源19488与种源20725之间最小,在种源20732与种源20723之间最大,平均遗传距离为0.5607。用类平均聚类法构建聚类树状图,19个种源被分为4大类,第一类：19155、20730、20729、20727、199157、20732；第二类：20728；第三类：19488、20725、20720、19314、20722、20726、20721、20724、20733、20723、20734；第四类：20735。