“985”“211”工程确立后,公立高校财政预算拨款一直按照学校综合排名进行。2017年9月21日,教育部、财政部、国家发展改革委联合发布首批双一流建设高校共计137所,双一流建设学科共计465个(其中自定义学科44个)。自此,拉开了中央高校财政预算资金按照学科排名拨款的序幕。高校内各学院作为学科的载体,有可能只有一个学科或并存多个学科,由于学院管理者所处学科差异使得学院对预算资金的配置不规范、不合理、不透明,学校培育发展优势学科的战略目标可能在学院层面不能得到有效落实。在新财政预算体制与新政府会计制度下,对公立高校学院预算管理研究能为学院执行学校战略、发展优势学科、学科发展的具体路径具有十分重要的意义,公立高校学院预算管理改革势在必行。首先,文章系统梳理了公立高校治理与高校评估、高校预算管理的相关文献,并以公共产品理论、高校治理理论、“财权流”财务论和激励理论为基础,分析了这些理论对公立高校预算管理相关内容的影响;其次,介绍了H大学及电信学院预算管理组织与制度及执行等现状,指出学科预算资金分配方式不合理致人才流失、行政主导预算挤压学术预算资金、科研与教学预算资金配比失衡等问题,并分析认为预算管理存在问题的原因主要是学校内部治理不完善致学院预算管理缺乏积极主动性、行政人员、科研与教学人员预算管理中财权不匹配、科研与教学预算管理中的激励不均衡;再次,文章针对预算管理的现实,根据学校学科战略发展的需要,构建出电信学院不同学科分别以博士、硕士、本科培养为主导的预算管理优化路径;最后,为确保各学科预算管理优化路径的有效执行,提出了建设学校财务信息化平台、改进学校预算管理制度、实施学院预算绩效自评、施行学院预算信息披露。文章的主要贡献在于根据H大学的发展战略明确了电信学院电气工程学科为优先发展型学科、控制科学与工程学科为发展型学科,电子科学与技术学科为维持型学科,并根据所对应学科类型确定了相应的预算管理优化路径与执行重心。