当今社会对政府公共服务的要求不断提高，政府的行政效能必须跟上并满足快速发展的社会要求。如何建设一个高效能的政府，如何优化行政效能，是政府目前必须面对并需要切实解决的问题。行政效能是指政府系统在实施行政行为时，投入相应的行政资源，实现相应的行政工作目标，并使得投入资源配置达到最优状态，它代表的是政府作为整体在运行过程中所产生的成绩。
　　经过了新的一轮机构改革，机构编制管理部门牵头对J市政府各部门进行了较大调整。本文试图结合机构改革背景下的J市机构编制情况，通过结构功能主义理论分解剖析J市政府系统行政效能现状，寻找机构改革后仍旧存在的影响J市政府行政效能优化的问题，并借助机构编制管理手段对问题进行分析、研究，提供相对应的解决方案及对策。
　　本文带着对群众反映中政府机构臃肿、人浮于事、效率低下等外在现状的思考，发现机构改革后仍旧影响J市行政效能提高的问题有三个方面：机构设置人员分配不合理等机构编制资源分配不科学的问题；履职不清、推诿扯皮等政府各部门运行不畅的问题；机构编制的政策在制定、执行、裁决等方面存在外来干预严重的问题。
　　通过分析这些问题存在的原因，本文提出能够采取的对应解决方案：借助评估手段科学分配机构编制资源；动态化统筹化的管理机构编制资源；梳理各个结构之间的职责关系；简政放权以减少设置重叠；优化机构改革背景下政府功能实现的政策环境等对策。通过合理地分配机构编制资源，梳理政府的职能，从而达到机构编制资源分配的最优状态，同时通过职能管理，使得系统内部运行过程中，各子系统协调运作，不发生紊乱的情况，这是本文所追求的系统功能实现的目的，也是本文讨论的行政效能理想状态。而在这个过程中，为了防止外界的干扰，需要为机构编制及职能的资源配置设立新的立法，形成新的标准，为行政资源的配置提供了一个保护机制，从而让外来因素不干预到资源配置、职能管理，以实现行政效能的优化。