1978年改革开放以来,我国经济腾飞的同时也伴随着严重的环境污染,长期的重开发、轻保护,使得资源、环境和经济发展之间的矛盾日益突出,越来越多的水源生态地遭到破坏。根据《全国主体功能区规划》,国土空间通常被划分为优化开发、重点开发、生态发展和禁止开发四类。其中重点生态功能区因承担涵养水源的责任暂时或部分地牺牲了当地的经济发展,因此建立科学合理的生态补偿机制的需求迫切,而其中的关键则是确定水源生态补偿及其补偿标准。本论文以产权理论、外部性理论和公共商品理论为基础,综合分析了当前学界关于生态补偿内涵及外延、补偿标准的研究。从排污权视角出发,构建以水资源价值为基础的生态补偿测算模型,并以广东省重点生态功能区13个城市连续12年的人均工业废水排放量和人均GDP值构建面板数据,做实证分析,得出各地区人均废水排放量的实际与理论间差值。用恢复成本法确定排污权价格,最后根据重点生态功能区内的21个县(市)2013年人口占全市总人口的比例来确定各县(市)最终的补偿标准。核算结果表明,广东省重点生态功能区应得到344.08亿元的生态补偿资金。2012年广东省实际补偿金额仅15.7亿元,现行的补偿标准严重偏低。最后结合实证结果,分析了广东省自2012年开始实行生态补偿政策以来所产生的效益,发现现行补偿政策存在补偿标准单一、补偿范围过窄、监督考核机制不完善等问题,并在此基础之上,提出了建立生态保护投融资机制,扩大补偿资金来源,最终形成多元化的融资格局的六点政策建议。