公平是税制的基础,也是理想,过度的税收优惠违反量能原则,是对公平的破坏。长久以来税收优惠一直是台湾行政部门相当依赖的政策工具,利用税收优惠措施,来协助各项发展或落实所欲达成的政策目标,以致税收优惠被过度的使用,缺乏适度的节制,造成今日税收短缺及负担分配不公的现象。此外,其它如税制设计上的缺失、对所得的认定不同等原因,都有可能影响所得税的公平,解决这些不公平规定,最根本且有效的方法,当然就是重新检讨并修改法律。但因目前台湾有关所得减免的税收优惠措施,相当的繁杂,想要透过全面重新检讨修正法律,是有其困难及障碍的,在时效上,建立所得税的最低税负制则相对比较容易。台湾所得税的最低税负制自2006年起实施,营利事业所得税的最低税负制旨在矫正过度适用税收优惠而缴纳过低或完全免税的不公平现象。本研究的创新,在于利用台湾全体股票上市公司实际的纳税资料,来验证实施最低税负制后,对课税公平的影响程度。研究发现,最低税负制对税收公平的维护是有帮助的,而现行营利事业所得税的最低税负制只是针对税收优惠的滥用,对免税所得又给予过度的信赖保护,对税收优惠以外会影响税负公平的因素,也是排除在外,使得现行制度对维护公平有美中不足的缺憾。在本文的模拟实践研究里,也证实最为完善及公平的最低税负制度,就是以纳税人帐载结算的财务所得作为最低税负之税基的制度,省却了计算基本所得额的麻烦,基本税率即使再降低,比起现行制度,一样可以带来更多的税收、增进更公平的税负,且节约遵从成本,更能符合宽税基、低税率、简税制的改革思潮。个人所得税的最低税负制,主要以矫正个人进行税收规避的手段为规范,同时也纳入现行所得税法难以实践课税的所得。相较于营利事业,个人所享有的税收优惠是较少的,且未给予信赖保护,在维护税收公平的成效上,个人的最低税负制应是优于营利事业的。基于实质课税及普遍性原则,当前环境下想要修法把所得税制改采属人主义,确属有相当的难度,而最低税负制能够纳入境外所得,使税收公平向前迈进一步,仅能当作是过渡性及权宜之计,并非完美的税制,可以视为是对实质课税原则的暂时退让,最终目标仍应通过立法程序,将境外所得直接纳入所得税的常规税制方为适宜。本研究的编排,首先第一到第二部分,作为论述的大前提,对于所得课税公平原则的要求,主张应以科学公平的方法衡量实质纳税能力,并把税收负担合理的分配给全体纳税人,即使享受优惠者,也要负担合理的税收,不能过度减轻或完全免除税负。第三部分,介绍及分析税收公平的衡量工具,作为本研究选用工具的参考。第四部分,探讨台湾所得税负担分配的不合理,着重分析所得税制存在的缺失,为完善最低税负制理清思路。第五部分,介绍现行最低税负制的内容,并对维护税收公平的成效提出初步看法。第六部分,以纳税人实际的缴税数据,实证研究营利事业所得税最低税负制促进税收公平的具体成效,并就最低税负制提出更合公平及效率的方案设计。第七部分,以实证的研究结果,归纳结论提出创新见解,作为修改相关税法不公的参考。