【摘 要】
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为了解布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基本信息,本研究利用PacBio平台对布鲁菌Rev.1疫苗株进行测序分析,结果表明,其基因组全长约3,299,187bp,GC含量约57.23%,其中染色体1的基因组全长约2,121,370,GC含量约57.15%;染色体2的基因组全长约1,177,817,GC含量约57.34%。预测编码基因个数为3,318个,总长度为2,857,932bp,平均长度861bp
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为了解布鲁菌Rev.1疫苗株基因组的基本信息,本研究利用PacBio平台对布鲁菌Rev.1疫苗株进行测序分析,结果表明,其基因组全长约3,299,187bp,GC含量约57.23%,其中染色体1的基因组全长约2,121,370,GC含量约57.15%;染色体2的基因组全长约1,177,817,GC含量约57.34%。预测编码基因个数为3,318个,总长度为2,857,932bp,平均长度861bp,GC含量约58.34%,占基因组全长的86.63%,共预测37个散在重复序列、89个串联重复序列、71个小卫星DNA、54个tRNA、9个rRNA、2个sRNA及10个基因岛序列。布鲁菌Rev.1疫苗株预测基因与各功能数据库比对结果显示,GO数据库注释基因数量为2,148个,KEGG数据库3,253个,COG数据库2,703个,NR数据库3,274个,TCDB数据库390个,PHI数据库223个,VFDB数据库228个,ARDB数据库1个,CARD数据库21个,共预测分泌蛋白158个,T3SS效应蛋白78个。将布鲁菌 Rev.1 疫苗株的 BLS、gmd、L7/L12、OMP25、OMP28、P39、VirB10、wboA和Ery基因序列与Genbank上发表的8株布鲁菌参考菌株的进行比对分析,其同源性均在97.5%以上。其中Rev.1疫苗株的VrB10基因与16M株、M28株和M5-90参考菌株的比对存在18bp的插入,与2308株、RB51株、S19株和A19参考菌株的比对存在一段24bp缺失和两段9bp的插入,与S2参考菌株比对存在一段24bp的缺失和一段9bp的插入;Rev.1疫苗株的Ery基因与S19参考菌株比对发生了一段705bp的插入,与S2参考菌株比对存在一段16bp的缺失。Rev.1疫苗株的BLS、gmd、L7/L12、OMP25、OMP28 P39和wboA基因与其他8株参考菌株的序列差异不大,且不存在缺失和插入。
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