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采用RAPD技术对分离自河南省具有地域代表性的5个地区郑州、新乡、焦作、洛阳、安阳等地的43株小麦黑胚病优势病原菌(Alternaria spp.)菌株进行了遗传多样性分析。17个随机引物共扩增出151条清晰的DNA条带,所扩增出的DNA条带均为多态带,说明河南省小麦黑胚病菌存在着丰富的遗传多样性。利用NTSYS软件进行了病原菌的聚类分析,结果表明,河南省小麦黑胚病菌主要有两个种,即Alternaria alternate和A.tenuissima,种间的遗传相似系数的变化幅度为0.62～0.92。来自同一个地区的小麦黑胚病菌菌株基本上聚在了一起,表现出很近的亲缘关系,来自不同地区之间的菌株也可以交叉聚类。病原菌遗传多样性分析进一步验证了形态学的鉴定结果。从分离菌株中挑选出Alternaria alternata菌株8株加上标准菌株34-016,提取基因组DNA进行rDNA-ITS 5.8S rDNA及其两侧ITS序列扩增。比对分析结果表明:小麦黑胚病菌的8株A.alternata的核糖体5.8S rDNA及ITS序列与标准菌株34-016和NCBI数据库中登录的不同地区不同来源的32株A.alternata同源性很高,没有明显的地域性特征,但同一个地区菌株之间存在比较类似的碱基变异。所测的9个菌株中,只有来自新乡的菌株YJ949-1存在一个碱基的变异,与Italy的一个菌株同源性为98%。rDNA ITS1-5.8S-ITS2序列在相对保守的基础上又存在一定变异,在一些属的真菌研究中可作为分类鉴定、分子标记、系统发育的重要依据,但通过对世界各地A.alternata菌株序列的分析发现,rDNA ITS1-5.8S-ITS2还不能作为区分不同地域不同来源菌株的标准。为了进一步研究引起河南省小麦黑胚病病原的系统发育关系,从所测菌株中挑选A.tenuissima菌株9株与上述8个A.alternata菌株进行r DNA ITS 1-5.8S-ITS2序列分析,所测菌株的序列同源性为99%-100%。进一步通过与GenBank中登录的链格孢属中的9个种进行序列比较,发现所有供分析菌株具有很高的同源性,其中与6个小孢子种A.alternata、A.tenuissima、A.mali、A.gaisen、A.citri、A.arborescens同源性为98%～100%。但3个大孢子种A.radicina、A.porri和A.solani聚为另外一支,可明显地与其它小孢子种区分开。通过对Alternaria 58个菌株的rDNA ITS序列分析发现,同一个种或相似种内不分地域范围和寄主都有很高的保守性。与小孢子种相比,3个大孢子种在位点97-171、365-402、443-490处具有各自的特异位点,所以这些序列有可能作为它们分类鉴定、分子标记及系统发育的重要依据。ITS1-5.8S-ITS2序列分析只可以验证小麦黑胚病菌形态学鉴定的结果,但还不能用于链格孢近似种的分类鉴定。