历经近二十年的司法实践,确认违法判决已经成为行政诉讼领域中一种较为重要的判决形式。但由于确认违法判决理论根基中的妥协性,使确认违法判决的判决效力不完整,且无法直接产生救济作用,这样的妥协性使确认违法判决在行政相对人权益保护的领域内,具有理论和制度上的内化性缺陷。为解决确认违法判决中的内化性缺陷,行政诉讼在立法过程中,为确认违法判决设置了两种权益保护措施,分别是补救措施和赔偿措施。但通过对涉及确认违法判决的裁判文书进行分析,便可发现这两种权益保护措施并没实现其应有的权益保护目的。在此种内化性的缺陷和权益保护措施无法有效应用的双重作用下,使确认违法判决中行政相对人的权益无法得到有效保护。伴随着确认违法判决在我国行政诉讼领域的广泛应用,确认违法判决所面临的权益保护问题也逐渐严峻。基于上述原因,确认违法判决中行政相对人权益保护的完善,需要从规避确认违法判决的内化性缺陷和完善相关权益保护措施这两方面着手。因此,通过建立层次化的适用标准来规避确认违法判决中的内化缺陷,完善确认违法判决中救济措施的具体内容,探究确认违法判决中的多样化的权益保护方式,便可使确认违法判决中行政相对人权益保护领域内存在问题得到有效解决。