随着人类基因组测序计划的顺利完成，如何处理分析大量的基因组数据是我们面临的主要问题。基因芯片作为生物技术与微电子芯片技术融合的结晶，具有信息量大、效率高的优点，可以实现对基因数据的大规模检测。探针制备是基因芯片技术的中心环节，它直接关系到芯片检测质量以及后期的数据分析。本文在结合了分子印章法原位合成技术和PCR芯片杂交条件控制的基础上，设计出一种高通量的多探针并行合成装置，并开发出相应的合成优化软件系统，并将该系统与“马赛克”芯片探针合成装置相连接，实现了探针合成的半自动化。探针并行合成装置是针对现有的DNA合成仪合成成本高、耗时长等缺点而提出的，它利用组合化学的原理，充分利用合成单体过饱和的条件，通过并行合成的方法，节省了价格昂贵的单体化合物，同时也实现了快速合成。该装置与现有的DNA合成仪相连接，采用标准的流体接口。该快速化合物探针合成载体可进行不同的组合，可以获得各种可变化合物探针。与现有的合成仪相比，可大大提高多种化合物的合成速度，合成成本也可大幅度降低。该方法有可能使大量不同DNA探针制备成本高的难题得到解决，从而使寡核苷酸基因芯片的成本有效的降低，使之能够更广泛的应用。根据上述的合成装置，我们对合成过程进行分析研究，提出了一种探针合成的优化方法：在保证探针合成正确性的前提下，首先对探针库进行了预处理，对探针库进行聚类，将相似性好的探针放在同一批次中合成；在合成过程中，我们对相邻层的相同碱基合成进行了压缩，从而减少了合成流程，将合成效率 寡核苦酸合成优化方法研究及其应用系统实现平均提高了刀％。同时，我们将此方法应用于“马赛克”芯片的探针合成装置，同样收到了很好的效果。 最后本文在上述方法的基础上实现了寡核着酸合成优化系统OSS刀。该系统能够快速准确的实现芯片探针排布，生成合成优化文件，并与探针合成装置相连接，实现了探针合成过程的优化设计。