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稻瘟病是水稻的三大病害之一,其严重影响了水稻的产量。目前主要通过图位克隆,分子标记等方法鉴定新的抗稻瘟病基因。本研究通过全基因组关联分析深度发掘自然群体中的抗稻瘟病新基因。为今后培育持久抗稻瘟病品种提供理论和实践意义。本研究利用5个稻瘟病生理小种对来自国际水稻所的584份多样性水稻种质资源进行接种鉴定,结合700K的高密度的SNP(单核苷酸多态性)图谱,利用全基因组关联分析发掘新的抗稻瘟病基因,筛选高抗品种。生理小种来自云南稻瘟病菌多样性中心其中包括YN485、YN661、YN716和来自浙江的稻瘟病生理小种RB22和来自韩国的稻瘟病生理小种RO1-1。所有的生理小种都是强致病性菌株。研究结果如下:1、对584份水稻国际种质资源进行接种鉴定,获得55份高抗稻瘟病品种,根据国际鉴定标准其对5个生理小种的抗性小于等于2级。2、温带粳稻亚群的平均感病率为77.08%,混合群体的平均感病率为52.82%,AUS亚群的平均感病率为49.5%,芳香亚群的平均感病率为47.8%,籼稻亚群的平均感病率为34.33%,热带粳稻亚群的平均感病率为27.38%。其中热带粳稻亚群的整体抗性远大于温带粳稻亚群的整体抗性。3、通过全基因组关联分析共获得96个非冗余抗性位点,其中有11个位点在2个以上的稻瘟菌关联区域重叠。通过抗性关联位点分析获得174个与抗病相关的候选基因。174个候选抗性基因中分为8大类,其中编码转录因子相关的候选抗性基因占27%,编码LRR类型的候选基因有23个占13.2%。4、利用实时荧光定量PCR检测候选基因表达水平,参考RNA-seq数据验证获得亲和互作中上调表达的候选基因的有9个,不亲和互作中上调表达的候选基因的有97个。筛选的10个候选基因中其中6个与转录组表达水平数据一致。本研究中使用多个稻瘟病生理小种大规模的对多样性群体进行稻瘟病的接种鉴定,关联分析,转录组的表达水平验证。为进一步挖掘新的抗稻瘟病抗性基因奠定了基础,同时也为水稻抗稻瘟病分子标记辅助育种提供了新的抗性位点。