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大豆是世界范围内重要的油料作物,其产量占世界油料作物产量的39%,为人类提供主要的食用油,其脂肪酸配比对大豆油的品质具有重要影响,因而对大豆脂肪酸的遗传研究具有重要的意义。大豆脂肪酸组成性状遗传研究主要是利用双亲分离群体的连锁分析和利用少量分子标记的关联分析。为克服其缺陷,有必要利用海量分子标记进行全基因组关联分析。为此,本研究首先以不同生态区的285份大豆品种作为试验群体,利用全基因组的84443个SNP标记信息,通过TASSEL软件的混合线性模型(MLM)方法,对大豆5种主要脂肪酸组成性状进行全基因组关联分析；然后,利用生物信息学方法,借助关联标记与大豆基因组信息,获得与大豆脂肪酸组成性状的候选基因。主要结果如下：1、在-log10P≥3水平下,2011和2012年分别检测到654和558个大豆脂肪酸相关的QTL,其中棕榈酸检测到111和41个、硬脂酸检测到47和52个、油酸检测到147和110个、亚油酸检测到138和140个、亚麻酸检测到211和215个。两年共检测到867个QTL；两年重复检测到206个,其中棕榈酸5个、硬脂酸1个、油酸65个、亚油酸65个和亚麻酸70个。与两个以上性状关联标记在2011年有112个,2012年有73个。这867个QTL在20条染色体上有分布频率依次为0.62、0.83、1.60、0.63、1.30、0.99、1.22、1.07、1.07、0.61、0.64、0.90、0.81、1.20、0.60、1.93、0.93、0.79、0.59和0.82个/Mb。虽然在第3和16染色体上相对较多,但是基本呈均匀分布。2、检测到的关联标记附近共有1269个基因,其中175个基因内部有191个关联标记。这1269个基因中与拟南芥脂质代谢相关基因同源的基因有94个,其中17个基因内部有26个关联标记,80个基因旁边有152个关联标记,3个基因内部及旁边都有关联标记。与前人脂肪酸定位结果柑距500Kb以内的关联标记共61个,其中10个关联标记旁边有7个大豆同源脂质相关基因,9个关联标记在8个大豆基因的内部。