果实品质和抗病性是苹果育种的重要目标性状,通过常规育种手段进行性状改良进展缓慢。本试验通过连续多年的表型调查,利用MapQTL以及BSA-seq等方法,对苹果果实糖含量相关QTL进行定位,结合双亲重测序等手段,筛选候选基因,开发分子标记,同时搜集已有报道的果实着色度、苹果糖、酸含量、果实质地以及抗病性相关分子标记,在不同杂交群体及种质资源中进行验证准确性与通用性,开发全基因组选择芯片。主要结果如下:(1)通过对’紫塞明珠’ × ’红富士’正反交群体、’紫塞明珠’ × ’金冠’正反交群体以及’红玉’ × ’金冠’群体5个杂交群体连续3年的表型进行分析,发现苹果果实糖性状为典型的数量性状,杂交后代中性状分离广泛,虽然易受环境影响,但其广义遗传力均在70%以上,变异主要由遗传效应决定,这是后期能够通过QTL定位等方法解析其遗传背景的基础;(2)通过MapQTL方法,定位到4个可溶性固形物相关的QTLs,分别位于’红玉’第1号染色体和’红富士’第16号染色体上,其中位于’红富士’ 16号染色体上的QTL区段物理位置为1.57 Mb～7.08 Mb,三年贡献率在11.3%～13.2%之间;另外共在’红玉’ 1号染色体上定位到5个与蔗糖相关的QTLs,贡献率在16.7%～22.7%范围内,各区段物理位置集中在11.11 Mb～28.09Mb范围内;通过BSA-seq定位方法,检测到果糖相关QTLs共8个,分布于1、6、8和15号染色体上,检测到蔗糖相关QTLs共10个,分布于1、3和9号染色体上。(3)对于苹果果实果糖含量,开发了 PLT5-cds1213、E3UPFH-utr33、HK1-utr232三个分子标记作其预选标记,分别位于候选基因PLT5(编码糖醇转运蛋白)、E3UPSH(编码E3泛素连接酶)和HK1(编码己糖激酶)序列上,建立了果糖预测模型CF=F1×F2×F3×10.65;对于苹果果实蔗糖含量,开发了 E3UPSH-cds4367、MYB-up604、FK4-up713三个分子标记作为其预选标记,分别位于基因E3UPSH(编码E3泛素连接酶)、MYB1(编码MYB家族转录因子)和FK4(编码果糖激酶)序列上,建立了蔗糖预测模型Cs=S1×S2×S3×3.51;将果糖和蔗糖共6个分子标记综合,建立了果实总糖含量预测模型CT=T1×T2×T3×T4×T5×T6×18.59。(4)通过本试验开发及查阅相关报道,共搜集分子标记25个,对应性状为果实果皮着色度、果实糖含量、苹果酸含量、果实质地以及果实轮纹病抗病性,并在遗传背景不同的’秦冠’ × ’蜜脆’、’嘎啦’ × ’富士’、’美八’ × ’粉红女士’、’新红星’ × ’宫崎短枝富士’ 4个杂交群体以及种质资源中进行准确性与通用性验证,发现预测值与实测值之间均呈现显著相关性,随后依托于微流控SNP芯片检测系统,开发出Apple GBS Array v1.0分子辅助选择体系。