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本文利用当前世界上广泛使用的生物信息学软件较全面的对油菜fad2基因进行多方面的深入研究,目的是比对分析油菜fad2基因与其他物种中fad2基因核酸序列和蛋白质序列的差异及其序列特征,蛋白质结构位点和功能结构域的同异,从而探究油菜fad2基因的特点。主要结果如下:1、油菜fad2基因序列与拟南芥和埃塞俄比亚芥fad2基因序列相似度很高,与亚麻、油桐的fad2基因序列相似度其次,与果蝇、酵母fad2基因序列相似度很差。2、检索所有fad2蛋白质序列,结果显示都具备六个功能位点且相似度很高,表明它们有高度相似的功能。3、通过对fad2蛋白质序列结构功能域比较分析,得出:各fad2基因的功能结构域相似度高,分别由一段信号肽加一组fad2蛋白家族和跨膜蛋白构成,且各fad2基因的结构功能域查询都为高复杂度有功能片断,这与NCBI和EMBL上面的注释相符合。4、油菜fad2基因亲水性区域基本在:1～14位、19～28位、41-46位、51-56位、146～152位、166～171位、225-230位、339-343位、374-382位之间;疏水性区域基本在:61～83位、89～97位、99～112位、129～141位、184～204位、235～245位、252～278位、299～304位、356-361位之间,且由图示表明相似度越低的其亲水性区域和疏水性区域差异越大。5、利用分析软件构建其系统发育树,分析油菜fad2基因的起源和进化。进化树显示的各fad2基因的起源、进化关系与比对分析结果相符合:进化关系近的相似度高,反之进化关系远的相似度低。如:油菜fad2基因与拟南芥fad2基因的进化关系非常近,与果蝇、酵母fad2基因的进化关系相当远。6、利用统计学方法对数据分析中所使用的生物信息学软件进行了测评,测评依据是标准差(STDEV)、变异系数(CV)和相关系数(CC)的计算数据。通过对多种软件的准确性、灵敏度、计算内容以及运算速度等方面进行横向的比较和分析,结果表明DNAMAN在综合测评中占优。