目的：探析胃肠道间质瘤（gastrointestinal stromal tumors，GIST）合并胃癌、食管癌患者相关病理特征以及预后影响因素。方法：本研究选择2001年8月到2011年11月期间收治的138例胃肠道间质瘤患者为研究对象，其中合并胃癌或食管癌患者30例（合并组），胃肠道间质瘤无合并胃癌及食管癌患者108例（无合并组）。回顾性分析患者临床病理资料，探讨GIST合并胃癌或食管癌中间质瘤的临床病理特点，比较分析两组患者的预后差异，对全组患者的预后影响因素进行单因素及多因素分析，对影响患者预后的独立因素进行分层分析。结果：合并组患者中GIST的最大直径小于无合并组，核分裂像数少于无合并组，Joensuu危险度分级低于无合并组，二组差异均有明显统计学意（P<0.05）。全组患者术后5年生存率为73.2%，GIST合并胃癌或食管癌患者和GIST无合并胃癌或食管癌患者的术后5年生存率分别为53.3%和78.7%，两组差异具有统计学意义（P<0.05）。单因素及多因素分析显示：肿瘤最大直径、核分裂像、Joensuu危险度分级、是否合并胃癌或食管癌是影响患者预后的相关因素；其中Joensuu危险度分级、是否合并胃癌或食管癌影响全组患者预后的独立因素（P<0.05）。对全组患者的Joensuu分级进行分层分析显示：无论是在极低危/低危、中危，还是高危患者中，GIST合并胃癌或食管癌患者的术后5年生存率均明显低于GIST无合并胃癌患者，差异具有统计学意义（P<0.05）。结论：GIST合并胃癌或食管癌患者中，间质瘤的恶性危险度较低，Joensuu分级大多为极低或低侵袭危险性；这些患者的预后较差，应主要针对胃癌或食管癌进行治疗。