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悬钩子属Rubus L.,是蔷薇科Rosaceae中的一个大属。全世界有悬钩子属植物750-1000种,中国有200多种,其中有130多种是特有种。我国西南地区是悬钩子属植物的多样性分布中心,拥有丰富的种质资源,其野生资源在各种抗性、易成活性、果实风味都优于从国外引进的栽培品种,具有重要的栽培价值和育种价值。本研究在形态学调查的基础上利用RAPD和ISSR分子标记技术对33份材料属空心莓组(Sect. Idaeobatus)属绒毛叶亚组(Subsect. Stimulantes Yu& Lu)的茅莓(R. parvifolius)16份、属柔毛叶亚组(Subsect. Pungentes (Focke) Yu&Lu)的插田泡(R. coreanus)16份以及新发现的疑似杂种1份(该杂种疑为茅莓×插田泡自然杂交所产生)进行了遗传差异分析和初步鉴定。主要结果如下:1.通过优化反应体系,确立了茅莓和插田泡在ISSR分析中引物的最佳退火温度。即每个引物由于其碱基数目和组合的不同,退火温度有明显差异,但又与本身Tm值无规律可循,在筛选出的效果较好的引物退火温度范围在55.2-59.1℃,为ISSR技术在茅莓和插田泡中应用打下了基础。2.从UBC#9(哥伦比亚大学开发的一套共100条ISSR引物)引物中筛选出.12个多态性强、稳定性好、重复性高的ISSR引物,用于33份茅莓和插田泡的ISSR分析。扩增DNA片段长度在200-4000bp之间,多集中于400-2000bp之间。扩增DNA谱带总数358条,多态性条带339条,多态性达94.69%。得到了12个引物对33份茅莓和插田泡材料清晰的指纹图谱,能够充分鉴定种间和种内关系。3.利用已筛选出的18条随机引物,对供试的33份茅莓与插田泡材料进行RAPD分析。扩增DNA片段长度在200-4000bp之间,多集中于400-2000bp之间。扩增谱带总数498条,其中多态性条带462条,多态性达92.77%。得到的清晰指纹图谱,亦能够充分鉴定种间和种内关系。4.依据RAPD和ISSR标记数据,分别计算出33份茅莓与插田泡材料的遗传相似系数,并将供试材料划分为2大类。UPGMA聚类分析显示与形态学上分类结果基本一致。茅莓和插田泡各自种内的体现出一定的地理差异。5.通过RAPD和ISSR分析,对疑似杂种的可能亲本进行了推定,认为该疑似杂种可能为茅莓和插田泡的自然杂种。6.通过RAPD和ISSR对茅莓和插田泡种群遗传关系分析,RAPD和ISSR的重复性和稳定性得到了进一步验证,且ISSR比RAPD表现出更好的多态性,也为更好地利用DNA分子标记提供依据。