嗜热脂肪酶NC-loop对催化活性、稳定性和趋异进化的作用

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Loop作为蛋白质二级结构的重要组成元件,其柔性和运动性对于蛋白质功能,尤其是酶催化作用具有重要作用,如定位重要的催化残基、参与底物结合以及调控底物的进入和产物的释放。三级结构分析揭示α/β水解酶超家族成员(脂肪酶第五家族、环氧化物水解酶、卤代烷脱卤酶和过水解酶等家族)存在一段loop区(NC-loop)负责连接α/β水解酶催化结构域的N-末端和盖子结构域(Cap),并且NC-loop在序列、长度、柔性以及构象上差异很大。本论文以来源于嗜热细菌长白山闪烁杆菌(Fervidobacteriumchangbaicum)且属于脂肪酶第五家族的嗜热脂肪酶FClip1作为研究对象,利用蛋白质工程手段系统地研究了NC-loop在催化过程、稳定性和趋异进化中的功能性作用。首先,根据残基的溶剂可及性表面积(Solvent Accessible Surface),我们将FClip1的NC-loop(Asp131-Lys151)分为N-末端(酶分子内部区域,Asp131-Ser138)和C-末端(酶分子表面区域,Glu139-Lys151)两部分,并设计和构建了N-末端和C-末端不同长度的系列截短突变体;结果表明删除N-末端的3-8个残基均导致酶的催化活性显著降低(对对硝基苯酚丁酸酯的活力降低67-500倍),说明N-末端对于酶的催化作用至关重要;而删除C-末端的3-13个残基促进了酶催化活性的提高(野生型的125-221%)、78℃下热稳定性的提高(3.0-11.9倍)以及对盐酸胍半失活浓度的提高(野生型的105-167%),表明C-末端不参与酶的催化作用。其次,我们也使用丙氨酸扫描突变来确定N-末端对酶催化活性有重要影响的残基,然而活性测定表明丙氨酸的替换并未使酶的活性显著降低(野生型的71-223%),说明N-末端残基的侧链即使只保留一个甲基也不会损失酶的催化活性。进一步定点饱和突变分析显示保守残基Tyr134突变为Glu后,酶的催化活性降低为野生型4.5%,表明NC-loop对酶催化作用的重要性不仅体现在N-末端区域的构象完整性上,而且还与N-末端的氨基酸组成相关。最后,利用环化排列技术研究了C-末端区域的柔性和可塑性,突变体CP146和CP152仍保持较高的催化活性(野生型的28-52%),表明C-末端区域具有一定的柔性和可塑性;结合C-末端区域残基的删除提高了酶的活性和稳定性表明NC-loop的C-末端区域作为可塑区可以进行酶分子再设计而进一步优化酶学性质。FClip1的NC-loop既有其他α/β水解酶NC-loop的共同点——参与底物口袋和底物通道入口的形成,也存在明显的差异——长度、序列、构象和功能不同,推测NC-loop在α/β水解酶超家族的趋异进化中起重要作用,此外,FClip1的NC-loop序列和长度与过水解酶家族的更相似,同时FClip1也表现出较低的过水解酶活性(3mU/mg),表明FClip1可能是脂肪酶和过水解酶家族间的进化中间体。
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