近年来，由于流动人口骤增、耐药和耐多药结核菌蔓延、结核病合并人类免疫缺陷病毒（human immunodeficiency virus，HIV）等客观因素的影响，全球结核病（tuberculosis，TB）疫情呈现死灰复燃的严峻形势，结核病防控工作面临巨大压力和挑战。　　目的：为更好地了解广东省结核分枝杆菌（Mycobacterium tuberculosis，MTB）的菌株特点、流行分布、传播途径及耐药发生机制。　　方法：本研究选取广东省2009年、2013年、2015年，东西南北中五个地区共853株MTB作为研究对象，应用差异区域105（RD105）缺失基因法、分枝杆菌散在分布重复单位（mycobacterial interspersed repeat units，MIRU）分型，药敏试验（Drug sensitivity tests，DST）比例法、基因测序等技术，研究广东省MTB随时间、空间的动态流行分布及耐药性特点。　　结果：本研究发现北京家族菌株是广东省的主要流行株，MIRU分型用于广东省MTB的分子流行病学研究可取得满意结果。该省MDR和XDR耐药趋势相对稳定，结核治疗需注意合并乙肝病史患者和女性患者的临床用药，Qub11b、ETR F、Mtub21、QUB26可能与预测菌株耐药的标志物相关。　　结论：分子流行病学研究成功阐述了广东省MTB的流行、分布及耐药性特点。