稻田固氮微生物是土壤微生物资源的重要组成部分。本文采用16S rDNA-PCR-DGGE法对本实验室以前从福建稻田土壤分离取得的八个固氮细菌分离物进行分子鉴定,发现每一种分离物都不同程度的被杂菌污染,即以一种固氮细菌为优势种,同时伴生有1-3种的劣势种。通过测序比对,发现上述分离物分别与中慢生根瘤菌(Mesorhizobium sp.)、鞘氨醇单胞菌(Sphingomonas sp.)、根瘤菌(Rhizobium sp.)、慢生根瘤菌(Bradyrhizobium sp.)、克雷伯氏杆菌(Klebsiella sp.)、伯克霍尔德氏菌(Burkholderia cepacia.)、假单胞菌(Pseudomonas sp.)、诺卡氏菌(Nocardioides)和红球菌(Rhodococcus sp.)九个属的固氮细菌和三个非固氮细菌属具有高度同源性。这表明DGGE不仅是研究细菌群落结构和遗传多样性的有效工具,也是细菌分离物纯化鉴定的重要手段。在了解细菌分离物组成的基础上,用选择性培养基进一步分离纯化后,通过基因挖掘,从—菌株克隆到苯酚羟化酶的基因,经测序比对后发现其与Alcaligenes sp.IS-18的苯酚羟化酶基因的核苷酸同源性为98%,由此推导的氨基酸序列同源性为100%。对该菌16S rDNA进行PCR扩增、测序,运用BLAST比对分析和相关软件确定其在系统发育中的位置,并结合生理生化鉴定结果,鉴定为Alcaligenes sp.,命名为BC2008。其在接种量为1:300的条件下,测得其最适生长的苯酚浓度为600 mg/L,最适生长pH值为7.0,最适生长温度为30℃,并在4℃的低温条件下也可以生长,可作为被苯酚污染的土壤生物修复的候选菌株。