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隐孢子虫(Cryptosporidium)是一种呈全球性分布的重要食源性/水源性人兽共患病原虫,它可以通过多种途径导致人类和其他动物感染隐孢子虫病,是人和动物急性腹泻或慢性致死性腹泻的重要致病因子。隐孢子虫属内种类众多,已命名26个有效虫种和70多个基因型。由隐孢子虫引起的隐孢子虫病是重要的人兽共患病,隐孢子虫病可感染包括人类在内的280多种动物,与粪便接触、食用被隐孢子虫卵囊污染的食物或水都可以传播隐孢子虫病。目前对隐孢子虫病的致病机理并不完全清楚,也尚无有效的治疗药物或疫苗。因此,隐孢子虫病不仅对畜牧养殖业产生重大的威胁,也对人类的健康产生巨大影响。为了解我国山羊隐孢子虫流行状况和公共卫生意义,对河南省和重庆市共7个养殖场1265份山羊粪便样品进行了检测。隐孢子虫感染率为3.48%(44/1256)。不同年龄段隐孢子虫感染率存在显著性差异,断奶后羔羊感染率最高达4.58%。基于SSU rRNA基因的PCR-RFLP分析和DNA序列分析鉴定出3个种,包括发现于河南省和重庆市山羊种的C.ubiquitum (24/44),发现于河南省的C.andersoni (16/44)和C.xiaoi (4/44)。其中,C.ubiquitum和C.andersoni为山羊首次报道的感染种类,发现于所有年龄群,除了在产后母羊中未发现C.andersoni;而C.xiaoi发现于怀孕母羊和断奶前羔羊。gp60基因位点亚型分型15个C.ubiquitum分离株,鉴定为人兽共患亚型Ⅻa亚型2。如此,优势感染人兽共患C.ubiquitum表明在流行地区山羊是人兽共患感染潜在感染来源。为掌握宁夏地区奶牛隐孢子虫流行情况,采集21个奶牛场共1615份粪便样品。显微镜检测发现10个场为隐孢子虫阳性,隐孢子虫平均感染率为4.39%(71/1615),其中养殖场21隐孢子虫感染率最高,达19.68%(49/249)。断奶前、3-11月龄、1-2岁、大于2岁奶牛隐孢子虫感染率分别为19.09%、0.87%、0.00%和0.65%。基于SSU rRNA基因的PCR-RFLP分析以及DNA序列分析显示,71个阳性样品中,62个为C.parvum,来自6个场；5个C.bovis,来自4个场;4个C.andersoni发现于一个养殖场。年龄分布上,断奶前犊牛发现C.parvum (n=58)和C.bovis (n=5);3-11月龄的4个分离株为C.parvum;大于2岁的成年牛发现C.andersoni (n=4)；在1-2岁奶牛中未发现隐孢子虫感染。gp60基因亚型分析显示,养殖场1-20来源的14个C.parvum亚型均为ⅡdA19G1,而养殖场21鉴定的48个C.parvum分离株鉴定为ⅡdA15G1。因此,宁夏地区奶牛隐孢子虫种类分布和亚型特征不同于河南省和黑龙江省以及瑞典。为了解C.parvum群体遗传特征和起源,收集我国、瑞典和埃及不同动物源C.parvum Ⅱd分离株111个进行多位点序列分型(MLST)。在12个微卫星、小卫星和SNP位点上,分别形成1-11个不同的亚型,形成了25个MLST亚型。MLST亚型存在宿主适应性和显著的地理区域隔离现象。我国和瑞典C.parvum Ⅱd分离株为克隆性群体遗传结构。分离株产生3个祖先群而且在RPGR位点上具有相同的序列。因此,目前的研究数据,包括西亚地区C.parvum Ⅱd分离株在gp60位点上具有较高的核苷酸多态性,以及Ⅱd亚型的独特性分布特征几乎仅发现于亚洲、欧洲和埃及,结合牛羊的驯化历史,表明C.parvum Ⅱd亚型可能从西亚地区扩散至世界其他地理区域。综上所述,本研究论文解析了山羊隐孢子虫种类分布和亚型特征,首次鉴定了山羊感染C.ubiquitum和C.andersoni;掌握了宁夏地区奶牛隐孢子虫种类分布和亚型特征并区别于河南省和黑龙江省；对C.parvum Ⅱd分离株进行了群体遗传分析,揭示了Ⅱd为克隆性群体结构并从西亚地区扩散至其他地理区域;这些研究结果为深入阐明我国隐孢子虫的流行和传播提供了重要参考。