近年来,随着我国经济的发展与综合国力的提高,国家和公共利益的保护日益成为备受关注的话题。在食品药品安全、生态与自然保护、国有资产保护等方面尤为突出,其中不免存在行政机关违法行使法律规定的权力或者不作为对于国家以及社会公共利益造成侵害的情况。我国在2017年6月出台的新《行政诉讼法》对行政公益诉讼中的提出主体进行了规定,从而确认了检察机关提起行政公益诉讼的主体资格。检察机关提起行政公益诉讼具有内在合理性,是符合我国国情以及政治制度的必然选择。但其作为行政公益诉讼的主体相较于传统行政诉讼而言有一定的特殊性,因此导致检察机关提起行政公益诉讼举证责任分配问题尤为突出,在学界存在一定的争议。研究检察机关提起行政公益诉讼举证责任分配问题,有利于解决案件处理中具体规定适用问题,进一步完善我国行政公益诉讼制度,从而更好的维护公共利益以及实现对行政机关的监督。检察机关提起行政公益诉讼双方应当承担什么样举证责任,学界存在分歧。有的学者赞成按照民事诉讼法的规则分配举证责任的观点,有学者赞成按照行政诉讼法的规则由被告承担举证责任的观点,也有学者认为应当按照行政诉讼法的规则由检察机关承担推进责任的观点。在现行规则中对于检察机关需要举证的内容规定的相对模糊,具体体现在:对行政机关具体行政行为的监督以及国家与社会公共利益保护是行政公益诉讼两个方面的目标,国家与公益的保护涉及到侵权构成要件的证明问题,而现行规则中缺少针对公益侵害的侵权构成要件事实进行举证责任分配的明确规定;传统行政诉讼举证责任配分问题上进行了作为与不作为案件的区分,而检察机关提起行政公益诉讼中缺少对行政机关作为与不作为案件区分的详细规定。在相关配套措施实施过程中存在鉴定机制不健全以及调查取证受阻缺乏刚性规定的问题。在举证责任分配的学界分歧上,可以采取按照民事诉讼法的规则分配举证责任的观点,并对行政机关的具体行政行为的违法进行法律上的推定。在侵权构成要件的证明上,需要明确关于构成公共利益侵害的侵权构成要件的规定;关于举证责任的分配应当细化作为类和不作为类的区分,并对于实践中行政机关不完全作为案件应当进一步明确。在相关配套措施的完善方面:活用专家意见以及专家辅助人制度来弥补鉴定机制不健全的问题;对于检察机关调查取证的问题,应当给予相应的刚性制度保障,在行政机关不配合且情节严重的情况下,检察机关可以向本级人民政府或者上一级主管的部门提出检察建议。