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目的:本研究旨在利用GWAS遗传学分析方法,探究阿尔茨海默病与急性缺血性脑卒中的遗传学联系,揭示这两种中枢神经系统疾病共有的疾病风险位点和分子学发病机制。方法:我们使用欧洲人阿尔茨海默病(AD)的GWAS数据(17,008例AD患者和37,154例正常对照,7,055,881 SNPs)和缺血性卒中(IS)的GWAS数据(10,307例缺血性卒中患者和19,326例正常对照,9,541,572个SNPs),参照HapMap和千人基因组计划(1000G project)分别在SNPs、基因、基因表达和生物学通路水平上寻找二者的遗传关联。利用METAL软件包对SNP合并P值进行meta分析;利用基因关联研究(VEGAS)寻找AD和IS各自的易感基因,Fisher’s方法联合VEGAS识别出的两种疾病的共有基因进行荟萃分析,挖掘共同显著的风险基因;进行基因表达芯片研究确定与二者均显著相关的疾病风险基因在AD和IS各自的NCBI GEO数据库中是否存在差异性表达;并进一步对二者共有的相关基因(P<0.05)在GO数据库和KEGG数据库中进行富集分析以发现影响二者发病的关键的功能通路;结果:全基因组关联研究meta分析发现与AD和IS共同相关的4个独立疾病风险位点(位于HLA区域的rs115499691,位于PICALM区域的rs7938634,位于EPHA1区域的rs73154208,以及位于MS4A区域的rs632185)超过GWAS的显著阈值(P<5.00E-08);基因关联研究发现10个基因(ZYX,EPHA1,EFTUD1,MS4A4A,YDJC,UBE2L3,PABPC1,RRN3P1,FAM154B,和TREM2)达到或接近全基因水平上的显著阈值;GEO数据库基因表达芯片发现MS4A4A在AD脑中和IS外周血中均有显著差异性表达,PABPC1和TREM2在AD和IS脑中均有显著差异性表达;功能富集分析发现6条KEGG通路,179条GO注释结果(56条生物学过程,95条细胞组分,28条分子功能)。结论:我们分别在SNPs、基因、生物学通路水平上揭示了AD和IS的遗传学关联。SNPs水平上3个疾病风险位点(HLA区域的rs115499691,MS4A6A基因上的rs632185,EPHA1/ZYX基因上的rs73154208)、基因关联研究中5个基因(EPHA1,MS4A4A,YDJC,UBE2L3,和TREM2)、KEGG通路中2条通路(NK细胞介导的细胞毒性和Toll样受体通路)均与免疫系统相关,进一步支持了免疫系统在AD和IS的发生发展过程中发挥的关键作用。总之我们的研究为深入了解AD和IS的分子遗传学关联和病理生理机制开辟了新视角。