内部控制是保证行政事业单位规范化运作,行使公共职能的一种重要手段,内部控制的实施也更有利于完成服务型政府的目标。21世纪以来,国内市场经济发展飞快,成效显著,而国内的行政事业单位管理模式却与之不相匹配,为及时跟上时代的需求,暴露了一系列的管理方面的问题,如管理制度不完善、管理水平低下、权力约束力不足等,更是由此出现很多贪污舞弊之象,严重损害我国政府职能部门形象,危害国家公共财产。2012年财政部颁布《行政事业单位内部控制规范(试行)》,直至2016年末内行政事业单位内部控制建设工作全面完成,虽我国已有完善的控制规范,但与此相关的理论研究相对匮乏,内部控制在行政事业单位实施的有效性、实用性等方面还有一定的提升与完善空间。现阶段,国内的行政事业单位内部控制工作效果评价实践更为滞后,与内部控制工作全过程的有效性相关的研究理论也不足,且缺乏实践,关键是内部控制评价指标体系不完善,存在很多问题。本文分析了大量国内外研究资料,对相关研究理论进行总结分析归纳,论述与行政事业单位特殊职能相关的管理理论、质量全面管理的PDCA循环理论,以及可以运用到内部控制评价的内部控制——COSO框架研究理论,并对行政事业单位、企业双方的内部控制做比较分析,制定了行政事业单位在建立内部控制评价体系过程中应遵守的基本原则,比较分析了三种不同的内部控制评价模式的优劣势,最后选择最符合要求的评价模式——整合评价模式。在借鉴国内许多将系统工程学中的PDCA循环理论应用到内部控制建设的经验,与内部控制评价体系结合,借鉴2016年行政事业单位进行基础性评价的表中的指标,建立符合我国行政事业单位发展需要的相对完善高效的内部控制活动有效性综合评价指标体系。随后,本文选择西北地区管理机制相对落后,却具有代表性的单位——县级财政局(K单位),以其内部控制有效性综合评价为例,采用AHP-FCE模型,将关键性的评价指标应用在行政部门实践过程中,证实了各个关键性指标与研究框架构建的可行性,得出研究结论,对薄弱环节提出建议,为我国行政事业单位强化内部控制有效性提供参考借鉴。