跨学科研究组织是美国大学科研组织设置最具特色且行之有效的制度安排。可以说,第二次世界大战的发生是美国跨学科研究的一个重要转折点,特别是美国政府基于国家利益组织的“曼哈顿工程”和“雷达研制”等军事研发工程,有力地促进了大学跨学科研究的发展和繁荣。二战后,为了鼓励大学开展跨学科研究,美国政府出台了一系列政策,多数大学也制定了相应的发展规划并加以实施。如今,美国大学跨学科研究组织发展形势良好,在全世界一直处于领先地位。本研究以美国大学研发合约获得为切入点,以学科交叉理论为基础,结合新制度经济学的理论和资源依赖理论,通过宏观与微观相结合、历史与现实相统一、理论探讨与个案分析相补充的原则,围绕跨学科研究组织的“跨学科研究”这一显著特征,对美国大学跨学科研究组织的变迁历程、运行机制及治理策略进行系统的逐层深入的分析,目的在于从深层次揭示美国大学跨学科研究组织的内在运行特征。如何使大学跨学科研究组织运行得更有效率,就需要进行治理,这对现有治理理论能够给予补充和完善。研究过程中主要采用了文献法、案例法和定量分析法等研究方法。先使用Citespace软件对跨学科研究领域文献绘制了知识图谱,对国内外在“跨学科研究组织”方面的研究文献进行了文献综述。在界定大学跨学科研究组织概念的内涵,回顾和评析与本研究直接相关的新制度经济学理论和组织理论的基础上,对美国大学跨学科研究组织变迁进行了历史考察,并总结大学跨学科研究组织的动力机制、变迁特征等,分析出这种组织变迁具有明显的特征,是一个强制性制度变迁和诱致性制度变迁并行的过程,进一步分析出美国大学内三类跨学科研究组织模式：国家使命型、大学自主型与产学合作型。为了服务国家利益和满足社会需求,美国大学内三类跨学科研究组织以问题解决为导向,在竞争与合作的环境中成功地实现了新知识的契约化生产,运行机制不断创新,有效地实现了资源配置,提炼出了美国大学三类跨学科研究组织的运行机制,发现了三类跨学科研究组织的核心运行机制。而且,完善的治理策略确保了美国大学跨学科研究组织的有效运行。从委托代理理论、资源依赖理论及交易费用理论角度,分别分析了美国大学三类跨学科研究组织的内、外部治理结构；为了使组织有效运行,从完善其内外部治理结构角度分析三类跨学科研究组织的治理策略。最后提炼出美国大学跨学科研究组织发展的经验,对我国大学科研组织的管理创新提供了启示,具有很强的理论意义和现实意义。