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TCGA(The Cancer Genome Atlas)是由NCI(National Cancer Institute)和NHGRI(National Human Genome Research Institute)共同建立的公共信息平台,平台中收录并整理了世界范围内不同类型肿瘤病人的临床信息,基因组特征数据以及高通量测序分析数据等。TCGA为肿瘤研究尤其是肿瘤基因组信息分析提供了合适的病例信息和数据来源。基因组信息分析方法是利用数据库资料,实现数据统计、差异性、关联性、绘制生存期曲线等方面的一系列统计分析方法。它是将临床病例信息数据转化为基础研究,再从基础研究转化为临床应用的重要工具。在如今,临床医学强调循证医学和基础医学强调向临床转化的大趋势下,基因组学分析方法将有非常广阔的应用前景。作者在TCGA(2012,Nature,结直肠癌)数据库中提供的195名结直肠癌患者中,以5年内死亡作为预后较差的标准筛选出25名患者。对这25名患者的肿瘤样本中包含的基因突变频数进行统计分析,发现ZFHX4的突变率为24%(6/25),排在高突变率基因的第八位。回顾ZFHX4在其余170名结直肠癌患者中的突变率为5.3%(9/170),提示ZFHX4在预后较差的结直肠癌患者中的突变率更高。比较携带ZFHX4突变的结直肠癌患者与非突变患者的生存期曲线,发现ZFHX4突变可以明显降低结直肠癌患者的生存期,说明ZFHX4可能是影响结直肠癌患者预后的重要基因。为探究转录因子ZFHX4在结直肠癌发生及发展中的作用机制,利用数据库中mRNA表达水平资料进行基因关联性分析。发现ZFHX4 mRNA表达水平与CDH2 mRNA表达水平呈明显正线性相关趋势,其关联系数与已知的可以调控CDH1和/或CDH2表达的其他转录因子相近。CDH2编码N钙粘着蛋白,在胚胎中参与神经系统及肌肉组织的发育,同E钙粘着蛋白一起作为间充质转化过程的标志蛋白。为明确ZFHX4调控的靶基因是否为CDH2,且是否参与到间充质转化过程。作者利用可诱导shRNA技术在ZHFX4表达较高且恶性程度较高的结肠癌细胞系HCT-116中下调ZHFX4表达,发现ZFHX4表达下调后的HCT-116细胞间连接更加紧密,细胞迁移能力明显下降。利用蛋白质印迹法比较CDH2表达发现,在HCT-116细胞中下调ZFHX4后,CDH2表达水平明显升高,表明ZHFX4具有抑制CDH2表达的作用。最后,作者利用TCGA(2012,Nature,结直肠癌)数据库,将病例肿瘤样本中ZFHX4、CDH2的表达水平进行排序,分别选取ZFHX4、CDH2表达水平最低的1/3病例(65人)、1/4病例(49人)作为低表达组,最高的1/3病例(65人)、1/4病例(49人)作为高表达组。分别比较高表达与低表达两组患者生存期差异,发现ZFHX4和CDH2表达差异对生存期影响相似,高表达组的生存期较低表达组差,但均未达到统计学意义。当随着ZFHX4和CDH2表达水平高低差异的增加,两组患者生存期差异分离趋势更加明显。基因组信息分析方法是一种统计分析方法,尽管其统计结果会由于基因调控的复杂性等诸多因素的影响出现假阴性、假阳性等情况,但结合临床实际情况和基础医学试验方法进行应用和证明,仍会为临床医学和基础医学研究提供重要参考。