鼠伤寒沙门氏菌（Salmonella enterica serovar Typhimurium）的抗生素耐药性已成为食品中的关键安全隐患。食品加工过程中的亚致死性环境压力会使沙门氏菌通过适应基因型和表型来应对环境压力,从而减少压力的影响并增加细胞活力,引发抗生素耐药性的变化,对食品安全和人类健康造成安全隐患。耐药沙门氏菌的耐药产生和传播机制已经成为当前研究热点,当今大部分研究集中于基因层面,需要在分子生物学和生化方面对耐药机制进行更全面的阐释。本论文以鸡肉加工过程分离株（CPI）和猪养殖分离株（PFI）两组野生型菌株,以及ATCC 14028标准菌株（14028s）作为研究对象,研究加工过程中理化环境胁迫后的鼠伤寒沙门氏菌耐药性消长规律,并基于代谢组学和转录组学分析胁迫后的耐药性变化在基因层面和代谢层面的响应,为肉类生产加工提供指导,为耐药机制研究提供有价值的参考。主要内容如下:研究不同p H、温度胁迫后的鼠伤寒沙门氏菌耐药性消长规律,探究了酸碱环境对细菌胞外三磷酸腺苷（Adenosine-triphosphate,ATP）和膜表面形态的影响。结果表明,酸碱环境（p H 5.0,p H 6.0,p H 8.0,p H 9.0）胁迫降低了鼠伤寒沙门菌对8种抗生素的抗性,同时增加了三株受试菌株对美罗培南（MERO）的抗性。美罗培南的最小抑菌浓度（Minimum Inhibitory Concentration,MIC）提高了16～64倍。在酸或碱胁迫下,细胞外ATP含量增加,扫描电镜（SEM）结果清楚地显示沙门氏菌外膜出现皱纹和孔洞。这些观察结果意味着膜通透性的改变,这可能会降低沙门氏菌的耐药性。冷（-20℃,4℃）、热（55℃）胁迫使鼠伤寒沙门菌对四环素、头孢噻肟、头孢他啶、萘啶酸、阿奇霉素和氨苄西林的抗性增强,MIC增加2～4倍。抗菌素的抗性只有在冷热胁迫发生一定时间后才发生变化,此后不再随着胁迫时间延长而改变。研究消毒剂刺激后标准菌株14028s的抗性变化及代谢轮廓。选取次氯酸钠（1μg/m L）、氯已定（2μg/m L）、苯扎氯铵（8μg/m L）和十六烷基氯化吡啶（8μg/m L）分别胁迫14028s,胁迫8 h后菌株经消毒剂抗性测定及抗生素耐药性测定。结果表明,胁迫后的菌株对4种消毒剂的抗性几乎不变,而对部分抗生素的抗性产生显著变化,其中经氯已定、次氯酸钠胁迫的菌株对环丙沙星和氨苄西林的耐药性显著增强,MIC增加2～4倍;对庆大霉素的耐药性减弱,MIC减少2倍;苯扎氯铵、十六烷基氯化吡啶胁迫的菌株对环丙沙星、四环素和庆大霉素的耐药性提升,MIC增加4倍。代谢结果表明,最小抑菌浓度的苯扎氯铵和次氯酸钠胁迫使细胞体内的泛酸、甘氨酸和谷氨酸等代谢产物下调,对氨基酸代谢相关通路和能量代谢相关通路影响巨大。研究了酸胁迫后标准菌株14028s耐药性变化的机制。运用转录组学和代谢组学联合分析的方法,了解酸胁迫下抗生素耐药性变化的生理机制。结果表明,代谢组学和转录组学分析表明,酸性应激诱导的沙门氏菌通过上调嘌呤代谢途径和增强三羧酸（TCA）循环来加速能量代谢（代谢产物黄嘌呤、腺嘌呤、柠檬酸、琥珀酸、ATP和gua C基因上调）,细菌趋化性减弱（基因tcp、che A、che W、trg和代谢物D-核糖下调）,生物膜合成能力下降,这些与14028s对抗生素、阿奇霉素、磺胺甲恶唑和SM的耐药性降低的现象有关。酸性胁迫导致孔蛋白的损伤或严重减少,阻碍碳青霉烯类通过外膜系统（OM）进入细菌,导致沙门氏菌对美罗培南的抗性增强。转录组学分析显示沙门氏菌上调omp F基因以补偿酸处理下的孔蛋白损伤。