科研经费是评价世界一流大学的重要指标之一,在当下的高校科学研究项目中,横向项目的重要性不言而喻,不单单是纵向科研项目的有力补充,更是高校学术研究和人才培养的重要基石。横向科研经费在高校学术研究经费中占据了很大一部分,横向科研经费通常是以市场委托的方式取得,与有着规范管理制度的纵向科研经费不同,国家在横向课题经费上未制定完善有效的管理制度与实施细则,各高校都是根据实际情况及相关规定自行制定。在高校科研经费规模不断扩张的当下,高校横向科研经费管理问题频现,使得高校横向科研经费管理面临着巨大的压力和挑战。如何更好地优化横向科研经费管理显得尤为重要。本文以上海市高校为研究对象,重点以一所“985”、一所“211”、一所地方性院校、一所民办高校为案例进行分析。本文深入分析了当前高校横向科研经费的管理现状,阐述本文研究背景意义,通过收集的文献资料整理相关文献综述、概念理论总结,然后描述了我国与上海市高校横向科研经费的基本情况,在此基础上采用文献资料法、访谈法、问卷调查法,对研究对象的横向科研经费管理进行了深入的分析,利用比较分析法对四所高校数据进行比较,总结案例对象横向科研经费管理存在的问题及其原因。本研究发现上海市高校横向科研经费管理的问题主要包括制度建设规范化力度、广度不足;流程控制不尽科学;横向课题经费绩效评价制度有待完善。上述问题的原因主要有:对于横向课题经费的认识存在偏颇;制度设计滞后于横向课题经费管理需求;横向课题经费的监督激励机制尚不科学;内控制度存在薄弱环节。基于此,本文提出了完善横向科研经费相关制度;建立健全横向课题激励机制;加强科研经费监管体系建设几点建议。横向科研经费管理是否规范完善,决定着横向科研经费能否得到合理、高效的使用,进而影响到高校科研质量和高校科研水平的提升。本研究丰富了我国高校群体横向科研经费管理的研究,为由此需要的高校群体提供一定的借鉴参考作用。