口蹄疫病毒Asia1/1/YZ/CHA/06的全基因组序列分析

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口蹄疫(Foot-and-Mouth Disease,FMD)是偶蹄动物的一种急性、热性、高度接触性传染病,其病原口蹄疫病毒(Foot-and-Mouth Disease virus,FMDV)属于小RNA病毒科口蹄疫病毒属的成员,为单股正链RNA,其基因组RNA全长约8.5kb,可直接作为mRNA,编码并翻译出一个多聚蛋白,然后经过一系列裂解,产生4种结构蛋白(VP1、VP2、VP3和VP4)和10种非结构蛋白(L、2A、2B、2C、3A、3B1、3B2、3B3、3C和3D)。根据动物交叉保护和血清学试验,FMDV可分为O、A、C、SAT1、SAT2、SAT3和Asia1型共7种血清型,不同血清型间不能交叉免疫保护,给口蹄疫的控制和消灭造成了极大的困难。目前FMD呈世界范围的流行趋势,但其血清型的分布具有一定的地理区域性。我国于1958年在云南保山县首先发现Asia1型FMD,且在之后30多年里该型FMDV的流行仅局限于Asia1/YNBS/58谱系,但2005年以来我国在江苏、甘肃、北京、河南等地爆发了江苏谱系Asia1型FMD(Asia1/JS/CHA/05),该谱系毒株与Asia1/YNBS/58株相比有较大的遗传偏离,来源于印度1980年流行毒株(Asia1/IND/1980)。该谱系毒株在我国牛群中一经流行,趋势迅猛,造成的损失极为严重,因此积极开展Asia1型FMD江苏谱系毒株的研究,对我国FMD的防控具有重要的意义。FMDV全基因组的测定和组装,为FMDV致病性的研究、以及新型疫苗和诊断技术的研制奠定了基础。本研究对分离到的江苏谱系Asia1型FMDV猪源毒株Asia1/1/YZ/CHA/06进行了测序和全基因组序列分析。同时,根据本实验室已测定的江苏谱系Asia1型FMDV牛源毒株Asia1/YS/CHA/05全基因组序列的基础,利用5’RACE方法从Asia1/YS/CHA/05株细胞传代毒中扩增得到5’末端的真实序列,采用常规RT-PCR技术扩增得到六段相互重叠基因组片段,分别克隆至pOK12低拷贝载体中进行序列测定和克隆拼接,构建了Asia1/YS/CHA/05株全长cDNA。
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