党的十八届三中全会再次强调要建立生态补偿制度。流域生态补偿是我国生态补偿的重要内容。是指为了保护水生态环境，维护社会公平正义，生态受益者通过市场或行政的手段，对水生态保护作出特别牺牲的人以及水生态系统功能本身予以的经济或非经济形式的补偿。生态补偿分为政府补偿与市场补偿两种模式，因此补偿行应该是兼具民事法律行为、行政法律行为以及经济法律行为性质。流域生态补偿的理论基础较为成熟，国际上比较通用理论基础有生态学理论，经济学理论，环境学理论，法学理论等，就我国而言，除了以上这些理论意外，环境目标责任制μ、断面水质交接责任μ是最主要的法学基础。我国关于流域生态补偿立法规定不论是从政策出发还是人大或是地方立法，都比较多，体系较为健全，但也存在不足，比如缺乏具体的指导意见，规定模糊不能具体指导实践。在实践中，政府购买是我国流域生态补偿最主要的方式，最成功的案例是三江源流域生态补偿实践，通过中央政府财政转移支付实现，地方财政转移支付的实践比较典型的是浙江与安徽之间新安江流域生态补偿实践，地方实践的典型成功案例是浙江金华的异地开放生态补偿实践。各类实践都取得了巨大的成就，但与此同时也存在问题，补偿标准单一、管理体制复杂、产权界定不明、补偿标准过低是最主要的问题。要解决这些问题，必须从以下方面着手，首先要完善水功能区划划定，明确政府责任，其次是建立水生态功能评估机制，最后还要提高补偿标准丰富补偿方式。