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背景：目前检测肺癌分子靶点的方法主要有IHC染色、FISH和RT-PCR技术方法,这些检测平台各有其优缺点。本研究利用这三种方法分别检测肺腺癌中ALK和IROS1基因融合情况,旨在评估这三种方法检测的敏感性和特异性,为临床靶向治疗相关分子分型及检测提供证据。方法：课题研究分两部分：第一部分检测肺腺癌中ALK融合基因。挑选297例病例行IHC染色和FISH检测,两种方法结果不符的病例采用Ventana IHC和RT-PCR分析。初步分析其临床病理特征。第二部分检测肺腺癌中ROS1融合基因。病例分两部分：第一部分在EGFR/KRAS/ALK检测均阴性的筛选病例(218例)中行IHC染色和FISH分析；第二部分在未经任何基因检测筛选病例(463例)中行IHC染色,针对阳性及可疑病例行FISH检测。后续挑选包括所有阳性病例在内的60例病例行RT-PCR分析,最终评估三种方法检测ROS1基因融合情况。初步分析其临床病理特征。结果：第一部分ALK融合基因检测：IHC染色和FISH分析检测ALK的阳性率分别为14.8%(44/297)和12.6%(36/286)。以FISH为标准,IHC染色检测ALK融合基因的敏感性和特异性分别为100%和81.8%。8例IHC染色和FISH检测结果不符的病例采用VentanaIHC和RT-PCR分析,5例RT-PCR分析显示ALK(+),3例Ventana IHC显示ALK(+)。统计学分析显示ALK(+)病例常发生在中年轻患者,且与淋巴结转移有关(p<0.05)。此外,评估了IHC染色、RT-PCR分析阳性病例(39例)的组织学亚型,其中伴粘液分泌的病例比例最高,占82.1%(32/39),其次为腺泡型和实体型,分别为71.8%(28/39)和33.3%(13/39)。第二部分ROS1融合基因检测：218例筛选病例中,IHC染色和FISH分析检测ROS1的阳性率分别为3.2%(7/218)和2.8%(6/218)。463例未筛选病例中,IHC染色和FISH检测的阳性率分别为1.9%(9/463)和1.5%(7/463)。后续60例病例行RT-PCR检测,ROS1阳性病例20例。以FISH为标准,RT-PCR检测ROS1融合基因的敏感性和特异性分别为100%和85.1%。临床病理参数分析未显示统计学意义。此外,评估了IHC染色、RT-PCR分析阳性病例(16例)的组织学亚型,其中腺泡型最常见,所占比例为87.5%(14/16),其次为乳头型和微乳头型,分别为62.5%(10/16)和50%(8/16)。结论：对于肺腺癌中ALK和ROS1融合基因检测,IHC染色可作为一个强有力的诊断筛选工具,当IHC染色弱阳性表达,或IHC染色和FISH分析结果不符的病例建议采用RT-PCR进一步证实。