论文采用蒙特卡洛模拟方法,研究了常见试验设计在关联分析中的优劣,明确了半双列杂交设计及其变型、巢式关联分析定位群体设计在关联分析中的适用性。另外,对试验设计的群体大小、交配方式、亲本规模、交配世代数、稀有变异等因子对关联分析结果的影响也进行了模拟研究。主要结论如下：(1)常见的双列杂交设计及其变型、巢式关联分析定位设计及其变型都可被应用于关联分析,其中半双列杂交设计、析因设计经济、高效,是开展关联分析的首选,其次是独立循环设计、巢式关联分析定位设计,而双循环设计、单循环设计因其较低的位点鉴别功效和有偏的效应值估计,关联分析中不宜采用。(2)遗传率为40%时,在保证至少2250样本量的情况下,随着试验设计亲本数目的增加,关联分析中半双列杂交设计对各位点的定位功效呈逐渐上升的趋势,大部分位点最终达到100%,且效应值估计渐趋于无偏,其他试验设计的群体容量亦可参照此标准；应在早代进行关联分析试验设计的个体选择,以保存较大的变异量,同时采用低世代的分离群体,如F2世代群体,有利于获得较好的关联分析结果。对稀有变异的模拟表明利用自然群体可定位效应较大的稀有变异,但其效应值的估计不稳定。本论文有关研究结果可为关联分析的试验设计提供指导,提高动植物数量性状遗传结构剖析及功能基因鉴别的效率。