金黄色葡萄球菌肠毒素A适配体的SELEX筛选与分子模拟

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金黄色葡萄球菌肠毒素A(staphylococcal enterotoxin A, SEA)是食品中常见的细菌毒素之一,其检测方法包括生物、仪器与免疫学方法。其中免疫学方法因具有简便、快速、灵敏、特异等优点,是目前广为推广的一项技术,但是抗体作为一种蛋白质在应用过程中易受到外界因素的干扰,产生假阴性与假阳性结果,因此很大程度上限制了其应用。而通过SELEX(systematic evolution of ligands by expotional enrichment)技术筛选获得的适配体,具有易于制备,稳定性好,受外界因素影响小等优点,因此在食品安全检测领域表现出很好的应用前景。本研究首先以BSA (bovine serum albumin)作为靶分子,对SELEX进行了优化与改良,在此基础上,获得了5个针对SEA的适配体分子,利用Pymol软件对这些适配体的三维结构进行了分析,利用Molegro Vitual Docker软件对适配体与SEA进行了分子对接模拟分析,同时对适配体进行了功能的初步验证。具体研究结果如下:1.SELEX优化与改良采用Primer5.0软件,对国内外10多个课题组设计的引物进行了发卡结构、错配、二聚体、退火温度、GC含量的分析与比较,选择了本研究筛选文库序列:5’-ACC GAC CGT GCT GGACTC T-(N)40-AGT ATG AGC GAG CGT TGC G-3’。以BSA作为靶分子,通过对固相SELEX和液相SELEX的筛选效率(经过相同循环轮数后出现非特异性扩增的多少)进行了比较,最终选择液相SELEX来进行BSA适配体的筛选,并对硝酸纤维素膜,醋酸纤维素膜和混合纤维素膜对文库的吸附率进行了分析比较,结果表明,经KOH处理后的混合纤维素膜的背景吸附率较常规处理的硝酸纤维素膜的吸附率由26.01%降低到2.95%,大大提高了筛选效率。同时,对PCR的扩增条件、亚文库的纯化方法等进行了研究,结果显示,当选择对称PCR的退火温度为68℃,扩增10个循环,非对称PCR的扩增条件为引物比40:1,扩增循环数为25个,采用反复冻融的回收纯化方法效果较好。在上述优化条件下,改良后的SELEX筛选15轮后才出现非特异性扩增,而优化前的SELEX在经过10轮筛选后即出现了非特异性扩增,说明优化后的SELEX大大提高了筛选效率。2.金黄色葡萄球菌肠毒素A适配体的筛选采用上一章节优化后的SELEX技术的筛选条件,对金黄色葡萄球菌肠毒素A适配体进行了筛选。在经过十八轮筛选以后,将末轮筛选的亚文库进行PCR-SSCP (single-strand conformation polymorphism)技术分离单一适配体。随机挑60个转化克隆子进行单链构想多态性(SSCP)分析,银染结果经Quantity One软件分析,选择电泳Rf值差异较大的克隆子测序,结果显示:共得到五条不同的序列,同时也出现了大量的杂和现象,少量的非单克隆导致测序不成功。3.金黄色葡萄球菌肠毒素A适配体的分子模拟通过分子模拟的方式研究了SEA与适配体的三维结构,同时进行了分子对接模拟,从而为进一步的研究SEA与适配体的相互作用提供理论基础。通过Pymol软件对SEA以及得到的五个适配体进行了了三维结构的模拟。利用Molegro Vitual Docker软件进行了SEA与五个适配体分子的分子对接。对接结果显示只有编号为1-4、1-13和2-4适配体可以与SEA进行结合。
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