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杨树溃疡病是杨树枝干局部坏死或腐烂的一种病害。在我国华中、华北地区几乎所有的杨树分布区都有发现溃疡病,造成重大的经济损失。MicroRNAs (miRNAs)是一类长度大小在20-24nt的内源性小RNA分子,在植物生长发育、细胞分化及新陈代谢过程中负调控靶基因的表达。杨树遭遇冷、热、旱、盐及机械等胁迫后有关miRNA的研究已有报道,然而,鲜有关于杨树在病害胁迫下的miRNA鉴定和表达分析的研究。通过Solexa高通量测序来自感溃疡病和未感病北京杨的两个小RNA文库,获得了大约3千八百万的small RNA序列原始reads。 sRNA分布统计发现24nt sRNA表达丰度最高,其次为21nt的sRNA。经序列分析及生物信息学预测发现北京杨的74个保守miRNA序列,归属37个家族,来自杨树基因组154个位点；同时还发现了27新的miRNA序列及它们相对应的miRNA*s序列,来自杨树基因组35个位点。在与其他植物基因组比对时分析发现,只有pbe-SR2, pbe-SR6和pbe-SR14在蓖麻中发现了匹配序列,其他都没有,表明这些新发现的miRNAs在被子植物中具有较低的保守性。3个保守miRNA*s (pbe-miR396b*, pbe-miR396c*和pbe-miR408*)的表达丰度高于它们相对应的成熟miRNA序列,表明这些miRNA*s在溃疡病病原菌胁迫下可能发挥一定的功能。经分析发现：北京杨感染溃疡病后总的保守miRNA的表达丰度比正常情况下高,而且33个miRNA序列表达量的变化非常显著,这些miRNAs的表达水平响应杨树溃疡病。qRT-PCR验证发现杨树溃疡病相关miRNA表达量的变化趋势与Solxea测序一致。最后,生物信息学预测发现了3个保守miRNAs的9个靶基因和新的miRNA的63个靶基因,而且对这些靶基因的功能进行了分析,发现靶基因涉及转录、新陈代谢以及胁迫等相关过程。本研究通过高通量测序鉴定了杨树中一批新的miRNA,结合荧光定量PCR分析了溃疡病菌侵染后杨树miRNA的表达变化,初步发现了与溃疡病菌侵染杨树有关的miRNA,为深入了解林木溃疡病miRNA调控机理打下了初步基础。