目的：为阐明新疆北疆地区进口纯血马携带病毒的本底数据及不同产地纯血马携带病毒的流行病学特征，为规避引种带来的生物安全风险提供数据依据。方法：(1)收集新疆北疆地区马场纯血马血清，提取混样中病毒核酸，反转录成cDNA并加入锚定引物，合成dscDNA，通过PCR扩增，电泳检测产物，合格样品送至上海派森诺公司进行高通量测序，查明纯血马携带的病毒本底数据。(2)根据病毒组学结果锁定病原，通过PCR方法挖掘纯血马新型病毒，获得完整的病毒种类数据信息。对该病毒的部分基因序列或全基因组序列测定，对其进行基因分型，研究不同来源毒株之间的遗传衍化关系。(3)对采集到的粪便、血清、鼻拭子样品进行病毒阳性率检测，明确其在马群中的流行现状。结果：(1)本研究共收集纯血马血清样品224份，进行病毒宏基因组学分析，共筛选得到8个病毒属，得到测序读长69607706个，有3.16%的哺乳动物病毒包括小双节RNA病毒科、副粘病毒科、逆转录病毒科、Genomoviridae、心病毒科、细小病毒科、圆环病毒科、乳头瘤病毒科等。(2)5种病毒鉴定结果显示纯血马HPV18型阳性率为20%，伊犁马为12.7%；HPV18E6基因与人源参考序列核苷酸同源性94.6%~97.3%，与马源EcPVsE6基因核苷酸同源性35.8%~40.1%。鉴定并扩增了EcPV1型的全基因序列。测得序列与EcPV1~9型参考株全基因组序核苷酸同源性达到99.3%~99.4%。表明马源人乳头瘤病毒可能是由纯血马携带的外来病毒。在粪便中检测到的马源PIV5与人源PIV5AGS株F基因同源性高达99.8%~100%，得到的3株马源PIV5的F基因序列；检测到EqPV-CSF的病毒阳性率为25.3%。与EqPV-CSF检测阳性纯血马同场饲养的伊犁马中未检测出阳性。在一匹死亡纯血马粪便中鉴定马Kirko病毒Cj-7-7并扩增全序列。对伊犁马、亚洲野马样品进行检测均发现有阳性携带，表明Kirko病毒在中国马群中存在。这也是国内首次发现EqPV-CSF和Kirko病毒在中国马群中存在。本研究获得的基因组序列均已提交至GenBank。结论：本研究通过高通量测序技术对新疆纯血马血清病毒组进行全面调查，筛选出8个病毒属并验证了5种新型马病毒，调查其阳性率。本研究对新疆纯血马进行病毒宏基因组学研究，新型马病毒的发现，丰富了新疆纯血马病毒组学数据，体现了病毒宏基因组学分析对于挖掘病毒信息的效率，对规避引种有重要指导作用。