鸡含锰超氧化物歧化酶cDNA克隆与全序列分析

来源 :西南农业大学 西南大学 | 被引量 : 5次 | 上传用户:castchen
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锰作为动物必需的微量元素,对鸡尤为重要。本实验室前期研究结果表明,在肉仔鸡和蛋鸡,其心肌含锰超氧化物歧化酶(manganese-containing superoxide dismutase,MnSOD)活性受饲粮锰水平的显著影响。并先后在生化及亚细胞水平上发现实用饲粮中锰的缺乏特异性地显著降低肉仔鸡心肌MnSOD活性,进而导致心肌细胞内的线粒体、内质网等亚细胞器的超微结构异常。为了弄清鸡MnSOD的基因序列以开展锰营养学的深入研究,本研究查明并报道了以往文献中尚未见报道的鸡MnSOD cDNA全序列。 首先根据已知鸡MnSOD的N端氨基酸序列设计简并引物,应用3’RACE(RapidAmplification of cDNA Ends)技术,扩增克隆了鸡心肌MnSOD的3’cDNA区段。测序结果表明:该3’RACE片段长1027bp,涵盖了鸡MnSOD cDNA的绝大部分成熟肽编码区及其完整的3’非翻译区,其中编码区597bp,编码193个氨基酸残基,完整的3’非翻译区长411bp,在poly(A)尾上游-29bp处有-AATAAA加尾信号。然后根据3’RACE片段测序结果设计引物应用5’RACE技术,扩增克隆了鸡心肌MnSOD的5’cDNA区段,并对其进行了克隆测序。测序结果表明:5’RACE片段长521bp,涵盖了鸡MnSOD cDNA的信号肽编码区和部分N端成熟肽编码区及其完整的5’非翻译区,且与3’RACE片段有352bP的重叠区。 进而对3’RACE片段和5’RACE片段序列信息进行拼接,从而最终获取鸡MnSODcDNA的全序列信息。最终结果表明:鸡MnSOD cDNA全长为1108bp,其中5’非翻译区25bp,编码区675bp,3’非翻译区408bp,编码一个长224个氨基酸残基的蛋白质前体。其中信号肽长26个氨基酸残基,成熟肽长198个氨基酸残基。鸡MnSOD推导氨基酸序列与人、大鼠、线虫C.elegans、果蝇D.melanogaster、嗜热栖热菌T.thermophilus等生物MnSOD氨基酸序列的同源性分别为82.4%、84.7%、62.4%、59.3%和42.0%。鸡MnSOD单亚基分子量约为22kD,总分子量约为88kD,预测等电点为6.88,疏水性均值为-0.10。鸡MnSOD二级结构预测结果表明,其亚基大致可区分为两个结构域,即N端区的“全α-螺旋”结构和C端区的“α+β”混合结构,与嗜热栖热菌T.thermophilusX射线晶体结构分析结果非常接近。 最后,根据鸡MnSOD cDNA的全序列信息,合成代表鸡MnSOD cDNA 3’最末端的新引物,运用末端PCR(End-to-end PCR)方法,直接从3’末端cDNA库体外扩增鸡MnSODcDNA的拷贝。该全长cDNA拷贝被克隆进T载体,鉴定结果证明,已成功构建了鸡MnSOD正向和反向的全长cDNA克隆,为进一步研究创造了便利的条件。
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