作为农村金融体系中的主力军，农村信用社改革的成功是构建符合市场经济发展要求农村金融体系的关键。而在农村信用社的改革中，产权制度改革又是最关键的内容。在长期的发展历程中，农村信用社从为入股农户所有的合作金融组织转变为产权归属不清、商业化倾向严重的金融组织。造成农村信用社产权异化的根本原因在于中国的二元权力结构社会或二元半权力结构社会中的权力严重不对称，制度完全不规范。农村信用社产权制度变迁的每一个阶段都反映了政府的偏好。作为农村信用社的原本所有者——入股农户——在绝大多数时间内没有行使过自己应有的权利。农村信用社产权制度的异化给农村信用社的发展造成了很多的负面影响。负面影响的存在要求对农村信用社产权制度进行改革，但在产权制度改革中，需要付出巨大的产权制度改革成本。在产权制度改革的方向选择上，本文认为不要在构建具体的农村信用社产权改革方案上争论下去，应该换一种思维考虑农村信用社产权制度改革问题。农村信用社产权制度改革应采取市场化改革的取向，选择何种新的产权制度形式应由农民自主决定。