太医院是明代的主要医疗机构，而惠民药局则是太医院的重要组成部分。惠民药局的设立，起始于宋代，元代继承了这一制度。惠民药局职能主要是制售成药，为贫民治病。明代的医疗机构设置参考了宋元旧制，惠民药局设立分为中央和地方惠民药局，属官和职能各有不同。明代地方惠民药局是惠民药局机构的主体，作为荒政体系的一部分，地方惠民药局的分部极广，发挥着一般诊疗、大型事件应对、社会服务作用。明代皇帝虽然屡次强调惠民药局的重要性，但该机构一直得不到重视，甚至到后期只有在相关的大型瘟疫中才能看到其身影。这也反应了明代医学一个重要问题，即皇帝的喜好、医事制度、市民阶层的崛起以及其他客观原因，导致宫廷医学发展迟缓，相反的，民间的医学欣欣向荣，各个方面均得到了迅猛的发展，堪称中国医学史上的一个高峰。