目的：研究江苏十个地区小家鼠的基因多样性和遗传进化关系，为国境口岸鼠形动物遗传进化规律和溯源的研究提供了确凿的技术支持，并为物种种内基因差异比较分析提供了重要的实验数据。通过生物信息学分析探索小家鼠种内差异与地理位置之间关系。　　方法：基于对江苏十个地区线粒体控制区基因和线粒体全基因组的研究，通过基因的扩增、测序和比对，研究小家鼠线粒体组成，结合GenBank的小家鼠线粒体基因组信息，对小家鼠进行遗传多态性分析和系统发育树研究。　　结果：获得小家鼠的线粒体控制区序列和线粒体全基因组序列，小家鼠线粒体基因组全长16，302 bp，由13种蛋白质编码基因、2种rRNA基因、22种tRNA基因、1个轻链复制起始区和1个控制区组成。经生物信息学分析发现小家鼠线粒体基因多态性丰富，其遗传进化规律域地理位置有一定的联系，不同地区小家鼠之间的分化程度大于同一地区小家鼠之间的分化程度。　　结论：小家鼠的种内差异程度与个体所处地理位置有很大的联系，我国的小家鼠大致可以长江为界限进行划分。江苏地区的小家鼠也显现出这种规律但并不明显。