海南长臂猿(Nomascus hainanus),是灵长目(Primates)长臂猿科(Hylobatidae)的中国特有种,目前仅分布在海南省霸王岭国家级自然保护区(北纬19°02′~19°08′,东经109°02′~109°13′),被IUCN评估为极危等级,其种群的生存现状在世界范围内引起了高度的关注。海南长臂猿现存种群27只,属于极小种群,现存的种群是在20世纪70年代末7~8只的基础上经历了40多年恢复形成的,但仍然处于灭绝的风险,容易受到随机事件和其它外来威胁。目前对该物种现存种群的种群遗传背景了解很少,因此开展这一极小种群的遗传背景研究极其必要,为对该极危物种的保护提供科学合理的建议,以及具有可行性的保护措施。本研究以霸王岭国家级自然保护区的海南长臂猿为研究对象,通过非损伤性遗传取样法,共采集3个家庭群(A、B和C家庭群)海南长臂猿36份新鲜粪便样品,利用10个微卫星分子标记、3对性别鉴定基因和线粒体DNA控制区(D-loop)序列的扩增,完成了准确的个体识别和线粒体DNA控制区(D-loop)序列的扩增,对现存海南长臂猿种群的遗传多样性、有效种群大小、近交程度、个体间亲缘关系等问题进行研究。研究结果表明海南长臂猿极危的另一主要表现是其现存种群遗传多样性水平极低,在种群极度萎缩的50年内遭遇了遗传瓶颈,并且发生了遗传漂变,提示今后对海南长臂猿的保护工作的重点应该是尽可能采取人工的正向干预,迅速恢复其种群数量和遗传多样性,增强生存力。