目的：探讨新疆维吾尔(维)、汉族人群载脂蛋白E(apo E)基因多态性与冠状动脉粥样硬化性心脏病发病的关联性。方法：选择维、汉族冠心病患者204例及176例健康体检非冠心病者作为研究对象，采集其空腹血液标本3mL，采用标准酚-氯仿抽提DNA，聚合酶链式反应(PCR)扩增，利用多重单碱基延伸SNP分型技术对所得380例样本DNA进行apo E基因分型。结果：(1)新疆汉族人群中等位基因ε2分布频率高于维族人群中等位基因ε2分布(P<0.05)。维族人群中基因型E3/4分布高于汉族人群中基因型E3/4分布(P<0.05)。汉族人群中基因型E2/3分布显著高于维族人群中基因型E2/3分布(P<0.05)。(2)汉族CHD组等位基因ε4频率分布高于对照组等位基因ε4频率分布(P<0.05)；维族人群CHD组等位基因ε4频率分布较对照组等位基因ε4频率分布差异无统计学意义(P>0.05)。(3)维、汉二民族人群基因型E4/X携带者均较基因型E2/X携带者的TC、LDL-C水平升高（P<0.05），HDL-C水平显著降低(P<0.01)，余各类血脂指标水平差异无统计学意义（P>0.05）。结论：(1)新疆维族与汉族人群中apo E等位基因及基因型分布有明显差异。(2) apo E基因多态性对维、汉二族人群个体血脂水平均有影响。(3)新疆汉族人群中apo E基因多态性与冠心病遗传易感性密切相关，ε4等位基因携带者冠心病发病风险显著增高。