【摘 要】
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目的:在TCGA数据库中我们通过生物信息学分析得到差异表达的lncRNA,从中筛选出我们要研究的lncRNA TM4SF1-AS1。本研究旨在探讨TM4SF1-AS1在结直肠癌中的表达及生物学意义。方法:下载TCGA数据库结直肠癌HTSeq-FPKM转录本数据,并通过perl语言对数据进行归纳整理,利用R语言edgeR包对647例结直肠癌肿瘤组织与51例癌旁组织lncRNA转录本进行差异分析,得到
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目的:在TCGA数据库中我们通过生物信息学分析得到差异表达的lncRNA,从中筛选出我们要研究的lncRNA TM4SF1-AS1。本研究旨在探讨TM4SF1-AS1在结直肠癌中的表达及生物学意义。方法:下载TCGA数据库结直肠癌HTSeq-FPKM转录本数据,并通过perl语言对数据进行归纳整理,利用R语言edgeR包对647例结直肠癌肿瘤组织与51例癌旁组织lncRNA转录本进行差异分析,得到差异表达的lncRNA,对差异表达的lncRNA进行筛选得到的TM4SF1-AS1进行Wilcoxon秩和检验并对与临床分期的相关性和结直肠癌肿瘤组织相对癌旁组织的特异性及敏感性进行分析,运用Kaplan-Meier法和log-rank检验对结直肠癌中TM4SF1-AS1高、低表达组进行生存分析;收集99例结直肠癌患者信息及其肿瘤组织样本和配对癌旁组织样本,通过qRT-PCR技术检测TM4SF1-AS1在配对癌组织和癌旁组织中的表达水平,然后采用Kaplan-Meier生存分析和log-rank检验分析TM4SF1-AS1表达与结直肠癌患者预后的相关性。RT-PCR实验检测TM4SF1-AS1在结直肠癌细胞株(HCT116、HT29、SW480、SW620)及人正常结肠粘膜细胞株(FHC)的表达情况,挑选TM4SF1-AS1表达量较高的结直肠癌细胞株(HT29、SW620),并在其中转染TM4SF1-AS1-siRNA来敲低TM4SF1-AS1的表达,并验证转染效率,采用平板细胞克隆形成实验、细胞划痕试验、Transwell侵袭实验检测下调TM4SF1-AS1的表达对HT29和SW620细胞增殖、迁移、侵袭能力的影响。结果:通过R语言edgeR包对647个结直肠癌肿瘤组织样本及51个癌旁组织样本lncRNA进行差异表达分析显示1229个差异表达lncRNA,高表达的有278个,低表达的有951个;利用R语言对TCGA中的TM4SF1-AS1的647个结直肠癌肿瘤组织样本及51个癌旁组织样本进行Wilcoxon秩和检验,结果显示TM4SF1-AS1在结直肠癌肿瘤组织的表达高于癌旁组织;Ⅲ和Ⅳ期结直肠癌患者肿瘤组织样本中TM4SF1-AS1表达高于Ⅰ期和Ⅱ期患者;TM4SF1-AS1在结直肠癌肿瘤组织表达相对于癌旁组织表达的敏感性及特异性分别为0.668及0.508,AUC值为0.71;高表达TM4SF1-AS1的结直肠癌患者比低表达TM4SF1-AS1的结直肠癌患者OS及DFS均较差;分析99例结直肠癌临床组织样本发现相比于癌旁组织,TM4SF1-AS1在结直肠癌肿瘤组织中高表达,并且其高表达预示更短的OS和DFS;单因素和多因素Cox回归模型表明TM4SF1-AS1的表达是结直肠癌的独立预后因素。RT-PCR实验显示TM4SF1-AS1在人结直肠癌细胞株(HCT116、SW620、SW480、HT29)中的相对表达量高于人正常结肠粘膜细胞株(FHC);TM4SF1-AS1 siRNA下调结直肠癌细胞株HT29、SW620中TM4SF1-AS1的表达;平板细胞克隆形成实验、细胞划痕试验、Transwell侵袭实验显示下调TM4SF1-AS1的表达抑制结直肠癌细胞株HT29、SW620的增殖、迁移和侵袭。结论:lncRNA TM4SF1-AS1在结直肠癌中起着促进肿瘤的作用,是结直肠癌中的潜在预后生物标志物。
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