随着养殖业的规模化、集约化发展,人工授精已在猪生产高度集约化的国家成为一种强有力的工具。近几年来,国内大型商业公猪站开始投入运营,先进的测定设备和专业的技术员对于精液数据积累更加系统和准确。因此,对更多的公猪群体进行表型到分子层面的研究得以实现。本研究收集整理2016～2020年广西某集团下属3个猪人工授精中心共1179头长白和952头大白公猪精液性状累计143,814条数据。采用R软件GLM函数对场次、采精季节、采精月份和采精月龄对大白和长白公猪精液性状的影响进行最小二乘法分析。利用Asreml-R软件对公猪精液相关性状进行遗传参数分析。通过全基因组关联分析（Farm-CPU）,探究与公猪精液性状显著关联的SNP位点和重要候选基因,为揭示长白和大白公猪精液性状遗传机理提供理论基础。研究结果如下:1.原精体积、精子畸形率、精子总数和有效精子数长白极显著优于大白,大白精子活力优于长白（p<0.01）;场别对长白和大白公猪精液性状影响差异极显著（p<0.01）;2.公猪原精体积、精子总数秋季最优,精子活力冬季最优,精子畸形率和有效精子数秋季和冬季显著高于春夏季（p<0.05）。综合来说,精液品质秋冬季优于春夏季。4月、8月和11月等温差较大的月份对公猪精液品质影响较大。3.公猪采精月龄对精液品质影响差异显著,公猪原精体积、精子总数和有效精子数在31～36月龄较好,原精密度在13～18月龄较好,精子活力在36～42月龄较好,精子畸形率在26～30月龄最好。综合来说,1～3岁公猪有较好的生产性能。4.对精液表型性状进行描述性统计,各性状的变异系数范围在10.01%至87.88%,其中精子活力最小,精子畸形率最大。利用单性状重复力模型估计公猪精液性状遗传力,长白和大白公猪原精体积、精子活力和精子畸形率为中等遗传力,分别为0.213～0.231、0.283～0.286和0.403～0.491。利用两性状重复力模型估计长白和大白公猪原精体积与原精密度遗传相关分别为-0.75和-0.62,精子活力与精子畸形率遗传相关分别为-0.80和-0.93,以上均为极显著的遗传强负相关。综上,公猪原精体积、精子活力和精子畸形率有较好的选择潜力,可以作为选育性状。5.基于Gene Seek Porcine 50K SNP芯片获取个体的基因型信息,使用Plink软件对基因型数据进行质控,使用Beagle5.0软件对缺失的基因型数据进行填充,最终共有257头长白,37838个SNP位点,493头大白公猪,36935个SNP位点。利用Farm-CPU算法对长白和大白公猪6个精液性状进行GWAS分析,使用Bonferroni方法确定显著性阈值分别为1.28×10-6和1.35×10-6,潜在显著阈值2.64×10-5和2.70×10-5,累计发现12个SNP显著位点,选取了23个潜在显著SNP位点。6.在显著SNPs上下游1Mb区域内搜索候选基因,根据已发表文献报道,本研究认为FOXA2、CSTL1、CST11、CST3、CST9L、RSPH1、WNT3、WNT9B、PRDM14、SULF1、SPPL2C和LYZL6共12个基因可作为长白和大白公猪精液性状候选基因,其中在17号染色上M1GA0021799位点附近的FOXA2、CSTL1、CST11、CST3和CST9L基因可认为是同时影响大白公猪原精体积、精子畸形率和精子总数的重要候选基因。本研究分析了长白和大白公猪精液性状的影响因素,对公猪生产管理具有一定的指导意义。发现精液性状为中低遗传力、中等重复力性状,各性状间存在不同程度的遗传相关、表型相关和环境相关,丰富了公猪精液性状的遗传内容。发现了影响公猪精液相关性状显著关联的SNP位点及重要候选基因,为我国长白和大白公猪精液分子标记育种提供了理论依据。